PNAS:结合二代测序和三代测序来鉴定异构体
在这项研究中,斯坦福大学的研究小组开发出一种新的计算方法,称为异构体检测和预测(Isoform Detection and Prediction,IDP)。它将Illumina短读取的准确性与PacBio经过错误校正的长读取相结合,用于异构体的检测和定量。
Nature Biotechnology:长读取测序揭秘转录本结构
短读取的RNA-seq可以精确计数已表达的转录本,但无法提供这些转录本的结构信息。日前,斯坦福大学的研究人员发表了能保留转录本结构信息的新方法,他们通过环状cDNA模板和长读取测序,实现了对转录异构体(transcript isoform)的定量和分析。
Genome Biology:单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员发表文章,介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为,单分子测序数据能降低测序费用,并带来更多完整的基因组,改善微生物基因组数据库的质量。
Nature Methods:基因组完美装配的新方法
美国能源部联合基因组研究所、PacBio公司和华盛顿大学合作,开发了一种改良版的基因组装配方法。研究人员将鸟枪法DNA文库与单分子实时DNA测序(SMRT技术)结合起来,对三种微生物基因组实现了高质量的从头装配。
诺奖得主谈单分子实时测序的优势
Pacific Biosciences的单分子实时测序技术(SMRT)因其出色的读长而引人注目。然而,因通量较低,且一直被错误率高的流言所困扰,SMRT技术似乎有些被忽视。近日,几位著名科学家在《Genome Biology》杂志上发表文章,试图消除这些误解,为SMRT正名。
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