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生物通首页 > 今日动态 > 专题总汇 > 单分子测序公司PacBio的逆袭


       曾几何时,Pacific Biosciences的股价一直在一块多徘徊,让人不禁担心它会重复Helicos的命运。然而,在经历了艰难的2012年后,PacBio来了一次大逆袭。2013年9月宣布与罗氏诊断合作,开发基于SMRT技术的诊断产品。同时,多篇文章陆续发表。这促使PacBio的股价一路飙升,创下52周新高。




      访谈后记:  


2013年5月,生物通发布了《 全球访谈纪要:PacBio RS第三代单分子测序系统 》专题,反响强烈。有读者点评,访谈系列从全球专家经验分享的视角给国内科研工作者带来了新技术应用理念的饕鬄盛宴。同时,读者也提出了一些新的问题。

访谈后记——PacBio完成大型基因组测序项目例证
有读者问,PacBio技术是否只在微生物领域才能发挥得淋漓尽致,换句话说,是否应用到大型基因组测序项目中就大打折扣。在此,我们将通过几个大型基因组测序项目的案例分析形式,以自己粗浅的知识和检索概括,就该问题展开白话式的剖析。

访谈后记——测序项目评估和运行成本比较
从项目评估和运行成本来看,二代测序和三代测序究竟孰优孰劣?



      研究成果:


PNAS:结合二代测序和三代测序来鉴定异构体
在这项研究中,斯坦福大学的研究小组开发出一种新的计算方法,称为异构体检测和预测(Isoform Detection and Prediction,IDP)。它将Illumina短读取的准确性与PacBio经过错误校正的长读取相结合,用于异构体的检测和定量。

Nature Biotechnology:长读取测序揭秘转录本结构
短读取的RNA-seq可以精确计数已表达的转录本,但无法提供这些转录本的结构信息。日前,斯坦福大学的研究人员发表了能保留转录本结构信息的新方法,他们通过环状cDNA模板和长读取测序,实现了对转录异构体(transcript isoform)的定量和分析。

Genome Biology:单分子测序改善微生物基因组组装
美国国家生物防卫分析和反制中心的研究人员发表文章,介绍了SMRT技术在微生物基因组组装上的应用。他们认为,单分子测序数据能降低测序费用,并带来更多完整的基因组,改善微生物基因组数据库的质量。

Nature Methods:基因组完美装配的新方法
美国能源部联合基因组研究所、PacBio公司和华盛顿大学合作,开发了一种改良版的基因组装配方法。研究人员将鸟枪法DNA文库与单分子实时DNA测序(SMRT技术)结合起来,对三种微生物基因组实现了高质量的从头装配。

诺奖得主谈单分子实时测序的优势
Pacific Biosciences的单分子实时测序技术(SMRT)因其出色的读长而引人注目。然而,因通量较低,且一直被错误率高的流言所困扰,SMRT技术似乎有些被忽视。近日,几位著名科学家在《Genome Biology》杂志上发表文章,试图消除这些误解,为SMRT正名。



      公司动态


PacBio升级分析软件 实现两项新应用
Pacific Biosciences公司近日宣布了其单分子实时(SMRT)DNA测序平台的软件升级。SMRT Analysis 2.2提供了增强的功能,支持两项新的应用:Iso-Seq™全长转录本/异构体测序以及人类白细胞抗原(HLA)单体型定相。

2013年生物科技股票全线飘红
尽管全球经济仍处于低迷时期,但这并不影响投资者对生物医药市场中许多公司的热情。据GenomeWeb网站统计,GWDN指数(包括30家生物技术公司)在2013年上涨了38%。在这些公司中,表现最佳的是Pacific Biosciences(增长208%)和Affymetrix(增长170%)。

罗氏与PacBio联手打造NGS诊断产品
美国Pacific Biosciences公司周三宣布与罗氏诊断签订一项协议,以PacBio的SMRT技术为基础开发诊断产品。根据这项协议,PacBio将开发并制造供临床使用的测序系统和消耗品,罗氏将独家拥有在人类体外诊断(IVD)领域销售产品的权利。




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