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生物通首页 > 今日动态 > 专题总汇 > 测序污染有多危险,如何防范与去除[实验手册]


        Supratim Mukherjee在进行数据分析的时候,发现数以百计的微生物基因组中会重复出现同一种噬菌体序列,这令他感到很惊讶。这位来自劳伦斯伯克利国家实验室的生物信息学家最开始是为了比对这些微生物的代谢途径,但后来他发现了几乎无处不在的序列,“我以为我们发现了一些新的东西,”他回忆道,“在这些不同的微生物中,这整个噬菌体基因组是完整地保留下来的。”……

测序污染有多危险,如何防范与去除[实验手册]
并不是只有Mukherjee一人发现此种情况,最近大量的报告表明,发表的基因组出现污染要不之前想象的多得多。那么这些污染是如何出现的呢?我们有能做些什么,避免这些情况的出现呢?




      广泛的基因污染


在Mukherjee 研究组意识到 PhiX 污染可能会出现了多个公布的微生物基因组中之后,这一研究组觉得量化其出现频率。通过分析调查,Mukherjee等人发现在已出版的1.8万个细菌和古细菌基因组(Integrated Microbial Genomes database)中,超过1000个序列被PhiX 序列污染。今年Mukherjee等人已经将这一发现公布在Standards in Genomic Sciences上。而这些其中的10%也出现在了同行评审的期刊杂志中……

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      污染从哪里来?


来自圣地亚哥州立大学的生物信息学家Rob Edwards说,污染出现的来源很多,“首先就是实验室成员可能混淆了两个样品,不小心给文件或者样本贴上了错误的标签。这些都可以通过加强实验室管理,提高实验记录保存制度等很容易解决。”……

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      如何检测及去除?


毫无疑问,在实验过程中越早剔除污染物越好,“这些污染会增加实验直接的成本,”来自爱丁堡大学的Dominik Laetsch 说,出现污染,“每分钱理论上你得到的核苷酸信息就越少,”因为需要花时间处理和分析不需要的序列。但也有个好消息——即使序列中充满了 PhiX、引物、载体和不想要物种的基因,还是能在别人看到你最终公布的基因组之前剔除它们……

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