小鼠基因组更快的测序反倒减慢了数据的公布

　　

华盛顿消息：已经被人类基因组计划（HGP）各成员采用的全基因组鸟枪法技术正在影响该联盟兑现其对数据公布的许诺的能力。

在该计划采用高通量技术之前，联盟成员已经达成协议：每24小时将新数据放到公众数据库中。HGP的成员一直以这个标准将自己与由马里兰州塞莱拉基因组公司进行的私人计划区分开来。塞莱拉公司计划只在出版物上公布自己的人类基因组数据。

但是公众基因资助的各中心现在正在使用鸟枪法技术进行小鼠和其它生物的基因组测序，并且他们发现这使得他们很难兑现立即公布测序数据的允诺。 HGP的最初的测序方法让他们可以很好地对公布的数据进行每日更新，因为科学家们可以不断地将解码的DNA小片断结合成较大的片断。但是鸟枪法测序的问题就更多了，因为该技术要求每天产生的小序列在整个过程的较晚阶段才进行组装。并且每个小片断比HGP在协议中规定的公布序列的长度要短。 目前关于如何处理鸟枪法测序数据，还没有达成任何协议。休斯敦的贝勒医学院是最初进行小鼠基因组测序的5家测序中心之一，已经将自己的小量的鸟枪法测序数据公布在自己的网页上。但是麻省剑桥的Whitehead生物医学研究所没有在自己的网页上公布这些数据。这个研究所正在与华盛顿大学，英国的Sanger中心合作，进行大部分小鼠基因组的测序。

鸟枪法的成功：小鼠基因组测序已经完成了一遍以上。

但是Whitehead研究所已经将自己的数据交给了欧洲和美国的各个数据库，不过这些数据库目前还没有提供鸟枪法测序数据。因此尽管整个小鼠基因组已经被测序了一遍以上，公众还不能得到小鼠序列片断的数据。

美国国家健康研究所国家生物信息学中心的负责人David Lipman说，一旦程序员们解决了新数据库中的技术难题，这些数据将在大约三个星期内公布。

负责美国公众资助的小鼠基因组计划的，国家健康研究所下属的国家人类基因组研究所的科学合作部门的辅主管Mark Guyer说，尽管如此，公众计划改用鸟枪法测序将要求对HGP最初的协议作出某些修改。

如果严格遵循早期的协议将意味着小鼠的基因组数据将直到全序列被重复测序三次以后进行组装时，才能公布，而这是预期到明年四月实现的一个目标。建立小鼠序列片断数据库可能是一个中间过渡的解决办法。Guyer说：“如果我们遵循早期的政策，这些数据将不会在六个月内公布。”

——摘译自 14 December 2000