生命科学家的对高性能运算的焦虑

　　

   （生物通译）只有少数勇敢的生物学家出席了昨天旨在检测他们与数学家、物理学家和化学家在高性能运算方面的共同之处的会议。会议计划寻找“这些领域的协同作用”，会议组织者Julia Goodfellow 告诉媒体，但生物学家只占少数。

     “有时我想我是英国唯一使用高性能计算机的生物学家。”Birkbeck 学院结晶学的教授Goodfellow说道。尽管她两年前开始组织这个皇家协会的“协同”会议，并且会议的焦点集中于高 性能运算在生命科学中与日俱增的作用，然而会议厅里充满的却是物理科学家。

     发言人之一，生物信息学家Mark Swindells思索“如何发言才能让所有人都理解这项技术”。

      Swindells是伦敦一家名为Inpharmatica的小生物技术公司的生物信息学主管，他在发言中指出他本人以及其它前学术人员成立这家公司的原因是由于当前缺少可用于生命科学领域的高 性能运算技术。“现在似乎人人都想运用这项技术。”他说。

     Inpharmatica致力于蛋白质序列、结构和功能三者关系之间的研究。公司于1998年成立，建立在伦敦大学Janet Thornton团队的研究基础之上。

     Inpharmatica研制的Swindell称为“计算机农场”的数据库实际上是许多普通个人电脑通过共同服务器组成的网络，可以 运用强大的运算法则来分析蛋白质之间的进化关系。新蛋白质的数据不断输入到系统中，即可将新的数据对储存的成百上千种蛋白质数据进行同源结构分析。

      随着储存结构数量的增加以及需要分析数据的增多，Inpharmatica只需向农场增加更多的PC。Swindell估计现在 数据库中已有大约1000台PC，运行50个独立的程序。随着“数据象尼亚加拉瀑布般涌入服务器，”，系统中的数据已接近“瓶颈”了，Swindell这样说。

     美国人是高能运算领域无可争议的领先者。Goodfellow认为，这大部分是因为禁止 核试条约签订后，美国政府被禁止试验核储备，因而不得不改为开发计算机建模技术。结果产生了复杂的硬件设备，生物学团体有充分的理由去利用它。

     Goodfellow预言会有越来越多的生命科学家逐渐意识到对高 性能运算的需要，”不管是为了通过计算模型产生数据还是只为了从中处理和搜索已产生的数据。“

      Swindell 一针见血地指出，英国政府基金部门有无视生命科学研究团体对于高性能运算日益增长的需求的危险。他的评论无疑触动了Goodfellow，Goodfellow在今年1月任职英国生物技术和生物科学研究理事会的首席执行官。

                          －－摘译自 BioMetNet 2001-10-25