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Pyrosequencing工作原理
关键字:PSQ    www.ebiotrade.com  时间:2001年12月19日    来源:


    Pyrosequencing是对短到中等长度的DNA序列样品进行高通量的、精确和重复性好的分析的技术。

第一步——测序引物和PCR扩增的、单链的DNA模板杂交,与酶—DNA聚
合酶(DNA polymerase)、ATP硫酸化酶(ATP sulfurylase)、荧光素酶(luciferase)、三磷酸腺苷双磷酸酶(apyrase)—和底物—adenosine 5´ phosphosulfate (APS)、荧光素(luciferin)孵育。


第二步——四种dNTP(dATPS,dTTP,dCTP,dGTP)之一被加入反应体系,如与模扳配对(A—T,C—G),此dNTP与引物的末端形成共价键,dNTP的焦磷酸基团(PPi)释放出来。

注意:反应时deoxyadenosine alfa-thio triphosphate (dATPS)是dATP的替代物,因为DNA聚合酶对dATPS的催化效率比对dATP的催化效率高,且dATPS不是荧光素酶的底物。



第三步——ATP硫酸化酶在APS存在的情况下催化焦磷酸形成ATP,ATP驱动荧光素酶介导的荧光素向氧化荧光素(oxyluciferin)的转化,氧化荧光素发出与ATP量成正比的可见光信号。
         ATP sulfurylase
PPi+APS —————————> ATP

            Luciferase,ATP
Luciferin —————————> oxyluciferin

   

    光信号由CCD摄像机检测并由软件pyrogram™反应为峰。每个光信号的峰高与反应中掺入的核苷酸数目成正比。



第四步——ATP和未掺入的dNTP由三磷酸腺苷双磷酸酶降解,淬灭光信号,并再生反应体系。



第五步——然后加入下一种dNTP。

    在以上步骤循环进行中,互补DNA链合成,序列从pyrogram™的信号峰中决定。

 
    利用PSQ96系统进行测序分析可期望得到20-30个碱基的读序长度,但是和任何测序技术一样,最大读序长度取决于模板的二级结构、碱基组成、PCR产物质量和其他参数。


最佳化的Pyrosequencing
    Pyrosequencing反应利用的是酶级连系统,简单且强有力,给出阳性或阴性结果,每种成份和参数已最佳化,以得到高度一致的结果,精确度为99%。
* 底物浓度已最佳化
* 选择了Apyrase的特异浓度,保证了所有的dNTP被降解,包括ATP和dATPS
* dNTP降解速率慢于掺入速率,有利于dNTP充分掺入
* ATP合成速率快于ATP水解速率,使的ATP浓度和光产生正比于掺入的dNTP
数目
* 仔细控制的试剂,保证了足够的活性和质量


待测序模扳制备
   
通过PCR技术将待测序列扩增,其中引物之一在合成时用生物素标记。加入STREPTAVIDIN包被的磁珠于扩增的DNA中,DNA分子通过引物的生物素和STREPTAVIDIN包被的磁珠形成复合体。DNA变性后,带生物素标记引物的单链在磁场中得到纯化,然后就可用于与测序引物退火,以便进行测序反应。


PSQ 96系统系统工作流程
1, 基因组DNA提取
2, 设计和合成PCR引物,其中之一标记生物素; PCR反应
3,DNA双链的分离,含生物素的单链DNA与测序引物的退火
4,对含生物素的单链DNA的测序/基于测序的SNP分析及等位基因频率确定

PSQ96系统包含了进行上述工作(3-4)的仪器及配件、软件、试剂,系统的设计满足高通量、快速、精确和经济的要求。

 

系统定购信息(进行SNP analysis, allele frequency determination 和sequence analysis等工作的系统)

System and softwares
PSQ 96 System/SNP/AQ/SQA (220-240V) Code No: 60-0085

SNP Reagent Kit(进行SNP分析的KIT)
Kits contain all components needed for SNP analysis:
●Enzyme mixture (DNA polymerase, ATP-sulfurylase, luciferase, apyrase)
●Substrate mixture (luciferin, adenosine 5’ phosphosulfate)
●Nucleotides (dATPS, dCTP, dGTP, dTTP)
●Reagent cartridge

PSQ 96 SNP Reagent Kit 5x96
- perform up to 480 SNP analyses Code No: 40-0005
PSQ 96 SNP Reagent Kit 1x96
- perform up to 96 SNP analyses, includes 1 x 96-well plate. Code No: 40-0001

SQA Reagent Kits(进行序列分析的KIT)
Kits contain all components needed for sequence analysis, optimized to allow for the number of nucleotide dispensations required when analyzing a gene-specific sequence.
●Enzyme mixture (DNA polymerase, ATP-sulfurylase, luciferase, apyrase)
●Substrate mixture (luciferin, adenosine 5’ phosphosulfate)
●Nucleotides (dATPS, dCTP, dGTP, dTTP)

PSQ 96 SQA Reagent Kit
- perform up to 96 SQA analyses Code No: 40-0006
 

(http://www.ebiotrade.com/)
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