两年一度的第六届蛋白质结构预测关键技术分析大赛(简称CASP,Protein Structure Prediction Center
http://predictioncenter.llnl.gov/,)近日在意大利加埃塔落幕，华裔代表队战绩骄人，其中周耀旗的“火花”和许锦波的“猛龙”分别夺得独立服务器组第一名、第三名，余立渤的“王牌”夺得群体服务器比赛第二名。而这三个获奖选手全部是中国科技大学的毕业生。由于“火花”、“王牌”的出色表现，组委会特别邀请这两个研究组在意大利举行的CASP6会议上作报告。据悉，组委会在服务器组中只邀请了这两个代表队做特邀报告。
蛋白质结构预测关键技术分析大赛由美国国家医学研究院等主办，被称为蛋白质结构预测领域的奥林匹克比赛。蛋白质结构预测从上个世纪50年代以来 一直是结构生物学家面临的巨大挑战，科学家付出了巨大努力进行突破，进展都不理想。结构生物学界，通常使用X射线或核磁共振手段等两种实验手段解析蛋白质结构，但实验成本太高，耗时太长。近年来，随着已知蛋白质结构数量的迅猛增长和高性能计算技术的飞速发展，人们希望借助计算机来实现蛋白质结构自动预测，以取代繁琐的手工预测。这已成为新兴的生物信息学科的重要研究方向，科学家们正在使用序列搜索、结构匹配和机器学习等尖端技术，通过结构已知的蛋白质和未知蛋白质的对比分析来“猜测”未知蛋白质的结构，从而攻克蛋白质结构预测难题。
本届CASP大赛阵容空前，手工组共201个代表队参赛，服务器组分为群体服务器和独立服务器组两类，共65个代表队。参赛队来自美国、加拿大、瑞典、英国、德国、波兰、以色列、日本等几十个国家。在服务器组比赛中，主办方每周给出8-9个未知蛋白质(不少属疑难蛋白质)，对于每个蛋白质，参赛者只有48小时进行结构预测，并将预测结果传回比赛中心。主办方再请测序方测定蛋白质结构，对参赛者的预测结果结构进行软件评分，评估其结果和真实结构的吻合程度。
本届比赛从2004年5月开始，8月结束，但成绩直到年底测序方的结果公布才逐渐明朗。如果说马拉松式的赛程是对全球参赛者智力和体力的残酷考验，那么其后在漫长的等待，一波三折成绩产生过程更是对心理承受能力的训练。由于比赛旷日持久，使CASP的竞争激烈程度比之真正的奥运会毫不逊色，服务器两个组的前几名成绩差别微乎其微，几乎并驾齐驱，群体服务器组中，余立渤的“王牌”一直领先，最后华盛顿大学的David Baker博士的ROBETTA以微弱优势胜出。2004年12月，由于“王牌”的卓越表现，主办方特别邀请加拿大滑铁卢大学研究组在意大利举行的CASP6会议上作报告。而独立服务器组分获冠军和季军的周耀旗、许锦波差距也非常小。
据悉，获奖的三位华裔全部毕业于中国科技大学。其中，周耀旗1985年毕业于科大化学物理系，1990年获纽约大学石溪分校化学物理博士学位，现为纽约大学布法罗分校生理学与生物物理系副教授；许锦波1991年因江西省数学竞赛第一名而被保送中国科大计算机系，2003年获加拿大滑铁卢大学博士学位，之后任该校研究助理教授，现为麻省理工学院博士后研究员；余立渤1998年毕业于科大自动化系，2005年在加拿大滑铁卢大学计算机学院获得硕士学位。许锦波、余立渤的导师李明教授，是滑铁卢大学生物信息学的首席教授，领导了“猛龙”和“王牌”蛋白质预测服务器的研究。
