新技术协助确定多重DNA调节位点

　　

生物通报道：美国劳伦斯.利弗莫尔国家实验室（LLNL）和瑞典乌普萨拉大学Linnaeus生物信息学中心的研究人员开发出了一种用于系统性地分析帮助控制基因活性的DNA关键区域的生物信息学新技术。这项合作研究由美国的Krzysztof Fidelis和瑞典的Jan Komorowski领导。

了解基因表达复杂的调节机制是研究生命科学的研究人员所面临的一大挑战。“结合位点”或者称为与协助控制基因表达的蛋白质反应的DNA区域能够处在离它调节的基因很远的位置。新的研究还显示基因表达能够由几种位于不同结合位点的调节性蛋白共同调节。

虽然在实验中很难观察到转录因子在离基因很远的地方与DNA结合，但是人们却可以确定出他们在启动子区域或调节区域的结合位点。

为了达到这个目标，研究人员在酵母中使用了一种机器学习技术（rough sets）来模拟联系结合位点和基因表达的一般规则。通过分析不同环境条件下的基因活动，研究组开发出了一套根据有限的结合位点和基因表达数据来预测结合位点联合的位置的规则。

研究人员发现相同的转录因子其联合略有不同就会负责调节不同的基因。因此，利用相对较少的转录因子，研究人员知道了结合位点可以被组合以产生大量的表达结果。研究使用的rough sets技术由波兰的Zdzislaw Pawlak在上世纪八十年代发明（记者杨淑娟）。