两篇《自然》文章提醒RNAi误区

　　

生物通报道：发表在9月10日的《Nature》和之前的《Nature Methods》的两篇文章首次证明了“脱靶效应（"off-target effects" ，OTEs）”能在长双链RNA诱发的RNAi实验中发生，这就说明来源于果蝇细胞培养物基因组RNAi筛选的成千上万个hit需要重新评估。

原文：

Y. Ma et al., "Prevalence of off-target effects in Drosophila RNA interference screens," Nature, Sept. 10, 2006, doi:10.1038/nature05179.
http://www.nature.com/

M.M. Kulkarni et al., "Evidence of off-target effects associated with long dsRNAs in Drosophila melanogaster cell-based assays," Nature Methods, October 2006
www.nature.com/nmeth

“发表在《Nature》上的文章利用建库的方法产生多种triggers，多种小分子RNA，”冷泉港实验室的Greg Hanno说，他没有参加这两项研究，他指出一种500-bp长度的双链RNA可以产生两打甚至更多的短片段RNA，这些短RNA中的一些将“误入歧途”。“所以你开始进行初步筛选的时候，你将得到脱靶和中靶效应的混合。然而，目前的筛选已经通过使用多种独立的dsRNA triggers解决了这个问题。”

脱靶效应沉默了目的靶标之外的基因，长期以来被认为是利用短片段RNA triggers进行RNAi筛选时的难题。但是果蝇基因组范围的RNA文库内含有数百碱基长度的双链RNA，这些双链RNA随后在细胞内被加工成真正执行RNAi的短片断RNA。这些长片断双链RNA被认为不会产生OTEs，因为占优势的特异性中靶效应要比短同源区域导致的非特异性效应稳定得多。这两项最新的研究现在证明了这种假设是错误的。

利用超过21,000条dsRNAs序列的文库、Wingless-responsive荧光素酶报告基因和Drosophila S2R+细胞，约翰·霍普金斯大学巴尔的摩医学院Philip Beachy和他的研究团队确定了7种富有前景的新型Wingless途径的组份候选。该研究小组试图通过针对每一个靶标合成另外的dsRNAs来确证这些hit，预期将再现起初的结果。但只有那些序列上与起初的dsRNAs序列交叠的dsRNAs才能产生预期的结果。

该文章的第一作者Yong Ma说所有7种候选基因包含了与armadillo同源短序列区域（(<20 bp），并且这些dsRNAs可以沉默armadillo mRNA和相应的蛋白质水平。这表明观察到的效果确实源于OTEs。

Ma回顾另一篇关于Wingless pathway的RNAi筛选文章，他发现大约60%公认的负调控基因分享一种重复的密码子序列CAN，而在库中仅为5%的序列有此现象。研究小组认为，脱靶效应可能是基于CAN重复的基础上的。

Norbert Perrimon是早期Wingless研究的合作作者，他构建了该研究的dsRNA文库。他说，“起始的时候该领域中的人们并没有发现过脱靶效应，不管是在Drosophila还是在C. elegans中，但是当更多筛选进行的时候，我们意识到了脱靶效应可能会发生。”
（生物通：亚历）