家猫基因组测序完成

　　

生物通报道：在新一期的《Genome Research》杂志上发表的一篇文章公布了对家猫(Felis catus)基因组的首个装配、注释和比较分析详细信息。

 

研究人员对一只四岁大的名叫Cinnamon的阿比西尼亚猫（Abyssinian cat）的DNA进行了测序。之所以选取这种猫是因为对它的血统很了解，能够追溯到几代前的瑞典。

 

Cinnamon是目前利用“light”(双重)基因组序列覆盖（genome sequence coverage）方法分析的几种哺乳动物中的一种。为了弄清Cinnamon的原始序列数据的意义，来自多个研究中心的研究人员进行合作，并使用了之前完成测序的哺乳动物基因组信息以及之前猫基因定位研究的成果。在此分析过程中，他们发现Cinnamon的序列包括了猫科动物基因组的真染色体（含有基因的染色质部分）的65％。

 

猫基因组和6种近期完成基因组测序的哺乳动物（人、黑猩猩、小鼠、大鼠、狗和牛）直接的相似性帮助研究人员在猫基因组中鉴定出20285个可能的基因。这种比较还揭示出了数百个染色体重排序列。

 

研究人员认为基因组序列分析必定能够有助于家猫的健康。由于和人类的密切关系，家猫还能够作物人类疾病的非常好的模型，这也是美国国家人类基因组研究所三年前通过了猫基因组测序计划的其中一个原因。

 

利用猫基因组序列数据，研究人员鉴定出了数百个基因组变异体（单核苷酸多态性SNP、DIP和STRs），这些发现可用于确定常见遗传疾病的遗传基础。

 

研究人员已经利用这些变异来鉴定猫色素性视网膜炎的致病基因，该结果已经在2007年5、6月的Journal of Heredity杂志上公布。这些变异还将能用于身世检测、法医鉴定和进化研究。此外，研究人员还分析了这个基因组的microRNA特征。（生物通雪花）

 

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《科学》：毛发助科学家测定猛犸基因序列

 

丹麦和美国的科学家近日利用来自俄罗斯冻土带的十头猛犸(Mammuthus  primigenius)毛发标本，成功拼凑出了猛犸的线粒体DNA序列。这一成果显示了毛发惊人的抗降解能力，以及它在获得远古DNA片断方面出人意料的有用性。相关论文发表在9月28日的《科学》杂志上。

  领导最新研究的是丹麦哥本哈根大学的Tom  Gilbert以及美国宾夕法尼亚州立大学的Webb  Miller和Stephan  Schuster。研究小组从现已灭绝的西伯利亚猛犸毛发中萃取了DNA，利用“猎枪”（shotgun）技术（即先将DNA标本破坏成碎片，然后利用计算机程序使其重新聚合），研究人员拼凑了猛犸完整的线粒体DNA序列。

  早在2005年，就有科学家对猛犸进行过基因测序。不过，此次针对十个个体的测序规模要更大，它令已经测定线粒体基因组的灭绝动物的数量增加了一倍多，大大丰富了灭绝动物的遗传数据库。

 

《科学》：象皮病寄生虫的基因组

 

生物学家制作了第一个寄生蛔虫的基因组草图，它将成为研究象皮病的药物和疫苗的重要工具。Elodie  Ghedin和同事测出了马来丝虫(Brugia  malayi)的大部分基因组，这个线虫给热带地区发展中国家中上百万人带来患象皮病的威胁，该寄生虫妨碍被感染人的淋巴系统，导致组织肿胀和皮肤变厚。现在，科学家能比较马来丝虫的基因组与独立生存的蛔虫、以及模式生物美丽线虫的基因组，来识别与寄生有关的基因。马来丝虫有一个复杂的生命周期，涉及到两个宿主。这两个宿主的基因组也已测出，研究人员也许能发现寄生虫在这些宿主身上的薄弱环节，从而找到控制该疾病的全新靶标。Science

 

象皮病（淋巴丝虫病）是一种蚊媒疾病，它是由包括马来丝虫在内的几种线虫导致的。根据世界卫生组织的数据，全世界有1亿人受到该病影响，大部分生活在发展中国家。一旦感染更该病，丝虫就会生活在人体的淋巴结中，导致肢体和外生殖器肿胀和畸形。

    尽管现有疗法很有效，但是它们的疗程很长，而患者坚持服药的比率通常较低，这就降低了这些疗法的效果。治疗药物有毒副作用，也有耐药性病例的报道，这凸显了对新疗法的需求。

    这组科学家发现了马来丝虫的1.15万个编码蛋白质的基因。该研究的第一作者、美国匹兹堡医学院的Elodie  Ghedin告诉本网站说，他们的研究组在比较马来丝虫和此前测出的该寄生虫的一些基因序列时吃惊地发现，大约有20%到30%的序列不匹配。由这些新发现的基因编码而成的蛋白质似乎与已知的免疫调节蛋白（免疫系统的调节因子）类似，这表明它们参与了让宿主的免疫系统失效的工作，从而确保寄生虫不被发现。

 

《自然》：葡萄的基因组测序完成

 

法国科学家宣布，他们完整地测定出一种酿酒葡萄的基因组。这是科学界首次成功破译水果类植物的基因组。尽管研究结果不会增加葡萄酒酿造的神秘性，但科学家们相信，它将有利于改进葡萄酒香味，以及提高葡萄对疾病的抵抗力。

 

葡萄是迄今为止第四种基因组得到完整破译的开花植物。其他已破译的三种植物基因组分别是拟南芥(2000年破译)、水稻(2002年破译)和杨树(2006年破译)。拟南芥和水稻分别具有重要的科研价值和经济价值。拟南芥是一种深受生物学家偏爱的模式植物。杨树是一种在全世界广为种植的树木。由于生长迅速，而且基因很容易操纵，植物学家也把杨树作为一种模式植物加以研究。

 

来自法国和意大利的数十位研究人员参与了这项研究，相关论文8月26日在线发表于《自然》杂志。有消息说，加拿大、西班牙的科学家也在从事葡萄基因组的测序工作。不过，法国最终捍卫了“葡萄酒之都”的荣誉——法国科学家领导的测序工作率先完成。

 

法意两国科学家选择了酿造葡萄酒的主要原料——黑皮诺葡萄作为测序的对象。黑皮诺葡萄是法国北部著名的勃艮第酿酒区的标志性品种，几乎所有的葡萄酒都是由它酿造而成的，选择黑皮诺葡萄还因为它具有近亲繁殖的基因类型，比较容易排序。

 

研究人员先将黑皮诺葡萄的DNA分割成几百万个小的片段，再分别进行测序，最后利用计算机程序将所有的序列拼接起来，得到一个完整的基因组序列(含有的基因数超过3000个)。（生物通雪花）