Ambion公司的siRNA设计定制合成和验证特点[新品推荐]

【字体: 时间:2007年11月06日 来源:生物通

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  Ambion公司连续两年荣获全美最受欢迎的RNAi类产品冠军,原因何在?

    Ambion独立的Silencer Validated siRNAs--预证siRNAs,已经实验验证能有效沉默目标基因70%或以上,大小为21bp;3'末端以UU结尾,涵盖人类400多个基因(www.ambion.com/siRNA),有5nmol和20nmol两种冻干粉包装提供。要特别说明的是,由于Ambion的siRNA3’末端突出都是UU结尾的,完全模拟自然存在的siRNA,由于在化学合成的过程中,添加U的试剂成本要比T贵得多,难度大,UU末端合成成本要远远高于TT末端或者其他末端,因此你会发现,Ambion的商品siRNA要比其他品牌贵不少,有如川菜一般劲辣。同样的,在设计siRNA时,Ambion的所有产品设计原则也是优先寻找mRNA序列中带有AA的下游19个碱基(得到3’UU末端),也就是务求令siRNA的21个碱基完全匹配mRNA序列。尽管Tuschl本人后来也表示siRNA 3’末端的UU作用并不很大,多数公司设计是直接找19nt序列后直接加TT,这样设计难度也小很多,但是Ambion公司却一直坚守UU法则,不曾放弃。Silencer Validated siRNAs现在的序列信息也免费开放提供,包括厂家验证的数据都一起提供。由于Ambion公司提供的预证siRNA工作浓度为30nM,比多数厂家100nM的有效工作浓度要低很多,就算同样包装大小的siRNA比别人贵3倍,每次实验成本也还是Ambion的划算点。知识产权,或者说服务创造价值,大概就体现在这里吧。

    由于Ambion给ABI收购了,所以买Ambion的siRNA还可以直接购买ABI公司提供的相应基因的Taqman荧光定量RT-PCR试剂盒,非常方便,用不着打着灯笼到处搜罗不同品牌的试剂,为联合国大军之间的配合作战而烦恼了。正好ABI公司大量人类基因的荧光定量RT-PCR检测试剂盒也非常出名,这样就可谓一步到位,只可惜价格很高贵。

    Silencer Pre-designed siRNAs--预设计siRNAs,是Ambion公司联手Cenix BioScience公司以业内非常成熟的siRNA设计软件来设计。除了已知的公开法则,包括我们前面提及的坚持优先序列中的AA下游19个碱基,务求21个碱基完全和mRNA匹配,3’端UU突出结尾等完全模拟自然Dicer酶切结果,还包括了多年的实验心得,比如siRNA反义链的3'端GC含量高,5'端GC含量低有助于提高siRNA效率;此外该软件并非只顾埋头设计,还会对已知序列进行检索以避免和其他基因同源而导致脱靶反应,还要检索已知的SNP库以避开SNP位点,已知的蛋白质结合位点如CpG位点也要避开(蛋白质结合位点会影响RICS复合物与mRNA的结合)等等工作;以沉默效率70%以上作为评估成功标准对其设计进行验证测试:针对400多个人类内源转录本(包括难设计的基因)而设计的1100多个siRNAs成功率高达82%以上--因此,Ambion保证3个以上针对同一目标基因而设计的siRNA中至少有2个能使目标基因的沉默效率达到70%或以上,同一基因你订购3个Pre-designed的siRNAs就可以了,3个里正好有2个有效siRNAs可以作为平行对照。厂家提供NCBI的RefSeq上列出的人类、小鼠和大鼠的全部基因的siRNAs,品种很齐全,是由化学合成的、已经纯化和退火的即用型siRNA,当然,序列信息是提供给你的。5nmol标准纯化的价格在2600-3200之间。(节选自:生物通ebiotech专刊之《RNAi 5年回顾及技术宝典》)

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