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新一代基因组数据处理系统发布
【字体: 大 中 小 】 时间:2007年03月28日 来源:生物通
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随着新确定的微生物基因组数据的累积,强大的计算机工具对处理和分析这些数据至关重要,这些工具将可能解决收获潜在的生物能源、应对全球气候变化的挑战。
生物通报道:随着新确定的微生物基因组数据的累积,强大的计算机工具对处理和分析这些数据至关重要,这些工具将可能解决收获潜在的生物能源、应对全球气候变化的挑战。
美国能源部联合基因组研究所(Joint Genome Institute ,DOE JGI)发布了新开发的2.1版本的综合微生物基因组(Integrated Microbial Genomes,IMG)数据管理系统。这个版本是根据美国生物技术信息中心(NCBI)参考序列库(ReSeq)的新微生物基因组数据对两年前发布的IMG进行的更新。另外还增加了真核细胞基因组,包括几种研究较多的酵母菌和质粒(独立于任何已测序微生物的双链环形DNA分子)。
在收获颇丰的过去的这两年里,学术界已经将IMG作为中流砥柱性的基因组分析工具,并且支持、促进了这个系统的持续成长和改进。
IMG 2.1以基因为基础向外延伸,与NCBI的Entrez Gene以及其它微生物基因组系统,如劳伦斯伯克力美国国家实验室的微生物在线(MicrobesOnline)和Argonne国家实验室的PUMA等建立了广泛联系。
IGM的网址为http://img.jgi.doe.gov/,是由DOE JGI和劳伦斯伯克力美国国家实验室Biological Data Management and Technology Center (BDMTC)联合主办的,而且IGM每个季度都会升级一次。
DOE联合基因组研究所由DOE科学办公室资助,结合了劳伦斯伯克力实验室、劳伦斯立物莫实验室、Los Alamos实验室、Oak Ridge实验室和西北太平洋实验室五个国家实验室的技术,与斯坦福大学的人类基因组中心联手进行基因研究。(生物通雪花)