新一代基因组数据处理系统发布

　　

生物通报道：随着新确定的微生物基因组数据的累积，强大的计算机工具对处理和分析这些数据至关重要，这些工具将可能解决收获潜在的生物能源、应对全球气候变化的挑战。

美国能源部联合基因组研究所（Joint Genome Institute ，DOE JGI）发布了新开发的2.1版本的综合微生物基因组（Integrated Microbial Genomes，IMG）数据管理系统。这个版本是根据美国生物技术信息中心（NCBI）参考序列库（ReSeq）的新微生物基因组数据对两年前发布的IMG进行的更新。另外还增加了真核细胞基因组，包括几种研究较多的酵母菌和质粒（独立于任何已测序微生物的双链环形DNA分子）。

 

在收获颇丰的过去的这两年里，学术界已经将IMG作为中流砥柱性的基因组分析工具，并且支持、促进了这个系统的持续成长和改进。

IMG 2.1共包含2,782种新的基因组（细菌61种、archaea 34种、真核基因组24种、噬菌体1661种、质粒402种）。在这些基因组中，2,524种已经完成测序，且258种为草图。IMG 2.1中108种已经完成测序和94种草图的基因组都是由DOE JGI完成测序的。

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IMG 2.1以基因为基础向外延伸，与NCBI的Entrez Gene以及其它微生物基因组系统，如劳伦斯伯克力美国国家实验室的微生物在线（MicrobesOnline）和Argonne国家实验室的PUMA等建立了广泛联系。

IGM的网址为http://img.jgi.doe.gov/，是由DOE JGI和劳伦斯伯克力美国国家实验室Biological Data Management and Technology Center (BDMTC)联合主办的，而且IGM每个季度都会升级一次。

DOE联合基因组研究所由DOE科学办公室资助，结合了劳伦斯伯克力实验室、劳伦斯立物莫实验室、Los Alamos实验室、Oak Ridge实验室和西北太平洋实验室五个国家实验室的技术，与斯坦福大学的人类基因组中心联手进行基因研究。（生物通雪花）

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