蒋华良研究小组最新《PNAS》文章

　　

生物通报道：来自中科院上海生命科学研究院上海药物所（Shanghai Institute of Materia Medica）新药研究国家重点实验室（State Key Laboratory of Drug Research），以及华东理工大学（East China University of Science and Technology）等处的研究人员针对蛋白之间相互作用提出了一种只需要基于蛋白序列信息就能预测蛋白相互作用的方法，可以应用到任何未知生物相关性的新发现蛋白研究方面，为蛋白相互作用研究提供了一种新颖的方法。这一研究成果公布在《美国国家科学院院刊》（PNAS）在线版上。

领导这一研究的是中科院上海药物所的蒋华良博士，其早年毕业于南京大学，之后于中国科学院上海药物所攻读有机化学博士学位，师承我国著名药物化学家嵇汝运院士和理论化学家陈凯先教授。

原文摘要：
Published online before print March 5, 2007
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 10.1073/pnas.0607879104
Predicting protein-protein interactions based only on sequences information
[Abstract]

蛋白质与蛋白质、蛋白质与其它分子的相互作用是生物调控的基本单元，对于理解生物调控机制具有重要意义，是后基因组时代生命科学与其它学科交叉研究的热点。利用理论模拟和生物物理化学实验方法研究蛋白质与小分子化合物、蛋白质-蛋白质相互作用的规律，在此基础上发展出蛋白质结构模拟以及基于结构的药物设计方法，这在国内外得到了广泛应用。

但是目前许多应用方法由于需要蛋白homology或者蛋白partners的相互作用标记，因此受到限制。在这篇文章中，研究人员发展了一种只需要蛋白序列信息的蛋白相互作用（Protein-protein interactions ，PPIs）分析方法，这种方法主要是基于一种复合了kernel function和描述氨基酸的conjoint triad feature的学习运算法则（learning algorithm）工具。通过16000多个不同的PPI对，研究人员构建了一个可广泛使用的模式，由于这种方法能够预测PPI网络，因此比其它基于序列的PPI预测方法都要更好。

这种方法可以应用到任何新发现的，但目前还未知其生物学关系的蛋白网络研究上，是蛋白质研究生物信息学方法的一个重要发展。
（生物通：张迪）

附：
蒋华良 博士

Hualiang Jiang Ph.D.
研究员 中心主任 
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[e-mail] 

1965年1月生，江苏武进市人。1987年7月毕业于南京大学化学系，获理学学士学位；1989年7月毕业于华东师范大学化学系，获理学硕士学位；1995年7月毕业于中国科学院上海药物所攻读有机化学博士学位，获得理学博士学位。现任中国科学院上海药物研究所研究员、博士研究生导师、所学术委员会副主任、药物发现与设计中心主任。浙江大学药学院、大连理工大学、华中科技大学、北京大学理论生物研究中心兼职教授。

综合应用分子模拟、计算机辅助药物分子设计、分子生物学和结构生物学等手段进行创新药物及其相关基础研究工作，研究领域涉及有机化学、药物化学、计算化学、计算分子生物学、结构生物学和化学生物学等学科。已在J Biol. Chem.、J Mol. Biol.、Biophys. J、J Med. Chem.、J Org. Chem.、J Phys. Chem.、Chem. Phys. Lett.、中国科学和中国药理学报等国内外刊物上发表论文100余篇，主编专著1本，参加编写专著6部，申请专利6项。

承担和参加国家、上海市和中科院基金项目10多个，包括国家“863”高科技项目和国家基础研究重点规划(973)项目。2001年任863高科技生物与现代农业领域生物信息技术主题组专家，2002年年度国家基础研究重点规划(973)项目“基于生物信息学的药物作用新靶标的发现与功能验证”首席科学家。

蒋华良研究员于2002年5月被共青团中央、全国青联授予第五届“中国青年科学奖”(生命科学)证书。

研究领域 

理论化学和分子模拟 
计算机辅助药物设计 
化学生物学 
药物化学和计算生物学 
结构生物信息学和结构生物学 

代表论文 
Hualiang Jiang*, Kaixian Chen, Yun Tang, Jianzhong Chen, Quan Li, Qinmi Wang, Ruyun Ji. Molecular Modeling and 3D-QSAR Studies on the Interaction Mechanism of Tripeptidyl Thrombin Inhibitors with Human α-Thrombin. Journal of Medicinal Chemistry 1997, 40(19): 3085-3090. 
Xiaoqin Huang, Tong Liu, Jiande Gu, Xiaomin Luo, Ruyun Ji, Yang Cao, Hong Xue, Bing L. Wong, Gang Pei, Hualiang Jiang*, Kaixian Chen. 3D-QSAR model of flavonoids binding at benzodiazepine site in GABAA receptors. Journal of Medicinal Chemistry 2001, 44: 1883-1891. 
Meng Cui, Jianhua Shen, James M. Briggs, Xiaojian Tan, Hualiang Jiang*, Kaixian Chen, Luyun Ji. Brownian Dynamics Simulations of Interactions Between Scorpion Toxin Lq2 and Potassium Ion Channel. Biophysical Journal 2001, 80(4), 1659-1669. 
Xiaoqin Huang, Liaosa Xu, Xiaomin Luo, Kangnian Fan, Ruyun Ji, Gang Pei, Kaixian Chen, Hualiang Jiang*. Elucidating the Inhibiting Mode of AHPBA Derivatives against HIV-1 Protease and Building Predictive 3D-QSAR Models. Journal of Medicinal Chemistry, 2002, 46: 333-343. 
Meng Cui, Waldemar Adam, Jian Hua Shen, Xiao Min Luo, Xiao Jian Tan, Kai Xian Chen, Ru Yun Ji, Hua Liang Jiang*. A Density-functional Study of the Mechanism for the Diastereoselective Epoxidationof Chiral Allylic alcohols by Titanium Peroxy Complexes. J. Org. Chem.2002, 67: 1427-1435. 
Lingling Shen, Jianhua Shen, Xiaomin Luo, Feng Cheng, Yechun Xu, Kaixian Chen, Edward Arnold, Jianping Ding, and Hualiang Jiang.Steered Molecular Dynamics Simulation on the Binding of NNRTI to HIV-1 RT.Biophysical Journal,2003, 84:3547-3563