siRNA文库研究进展

　　

生物通报道：病毒转染的小发卡RNA（short hairpin RNA，shRNA）文库问世，使高通量哺乳动物细胞siRNA文库进一步成熟。虽然开发商不断地对二者进行改进和完善，比对起来比较困难，但还是可以看出商业化的siRNA 不如生产shRNAs的载体系统的沉默效果持久，但比较稳定，需要的工作量也小。

siRNA

商业化的siRNA

商业化的siRNA是进行快速、粗略筛选的不错选择，发展时间长，各个公司为研制、确定有沉默功能的序列已经投入了大量资金。哈佛大学医学副教授William Hahn 说，如果你有一个适合转染的细胞系并且分析时间相对短期的话，siRNA是一个非常好的途径。

siRNA的效果可以持续几天到一个星期。某些公司还合成小发卡结构，但所有合成结构都存在一个共同问题：HELA细胞或HEK293细胞容易转染，但原代神经元培养、造血细胞或者T细胞则需要载体。某些公司正在研制载体库，目前已经可以获得理论阶段的设计版本。

优势                                          劣势
• Well-validated                               • 价格昂贵
• 沉默效率高（75％）                           • 不能感染某类细胞
• 可靠                                         • 短期沉默
• 容易设计                                    

商业化文库

• Ambion
有小鼠和人类的沉默子siRNA库
人类：7800/9100个基因
小鼠：6400个基因
每个基因有3或4个siRNA（依文库而定）
价格：2千－10万美元

• Dharmacon（Thermo Fisher提供）
siARRAY and siARRAY RTF
人类：21500基因
小鼠：16500基因
每个基因有4个siRNA
28个初步设计的文库

• Invitrogen
Stealth™ RNAi essential druggable collection
人类：2400基因（17个基因家族panel）
小鼠：1300基因（4个基因家族panel）
每个基因有3个siRNA
价格：5千－4.9万美元/panel

• Sigma Aldrich
Mission siRNA Library, mouse and human
6600基因（17个基因家族panel）
每个基因有3个siRNA
价格：5千－5万美元/panel

• Qiagen
FlexiPlate siRNA 和 HP siRNA
小鼠和人类：17000个基因
大鼠：6千个成药基因（druggable genes）
每个基因有4个siRNA
价格：1 nmol ：50美元
      0.1nmol ：22美元

esiRNA

德国马克斯普朗克研究所分子生物学研究人员Frank Buchholz与其同事设计出一种运算法则，预测预测每个基因上沉默效率最高的基因域（the region on each gene with the highest density of efficient silencing triggers，生物通编者译），然后放大这些区域并为其标记抗菌素启动子，得到dsRNA，接着用RNAse III或者重组DICER剪切长链，得到一组内源RNase制备的siRNAs（endoribonuclease-prepared siRNAs，esiRNAs）。这种方法得到的esiRNAs与单链siRNA相比，脱靶效应下降了13倍。

优势：据报道，比合成siRNA效率高
劣势：不能感染某些细胞
      短时间沉默

可获得的文库
• 德国Resource Center for Genome Research (RZPD)提供的PCR产物（www.rzpd.de/products/esiRNA/）
•  Buchholz实验室目前正打算将esiRNAs商业化
•公布在RiDDLE数据库种的探针序列（http://cluster-12.mpi-cbg.de/bioinformatics_group/RiDDLE.html）
（未完，待续）