PLoS撤销一文章 作者态度值得赞赏

　　生物通报道：美公共科学图书馆（PLoS）是一家由众多诺贝尔奖得主和慈善机构支持的非赢利性学术组织，旨在推广世界各地的科学和医学领域的最新研究成果，旗下包含了8种生命科学与医学领域的期刊。

6月18日，PLoS的Computational Biology撤销了其于今年3月刊登的一篇论文，理由是其中用于测量系统发生树（phylogenetic trees）精确度的方法metrics不起作用。文章的作者，来自美Bellingham研究院（Bellingham Research Institute）的Barry Hall的一位同事发现了软件的一个错误，导致文章结论的颠覆，因此这一文章被提出撤销。

Hall表示，“这篇文章被退回是因为我们的结论完全错了”，“我们在clade confidence和系统发生树之间没有发现任何关联，但是实际上这种关联是存在的。”

目前科学家们验证重建系统发生树的精确度通常都是依赖于间接的方法，比如Bayesian后验概率（Bayesian posterior probabilities）和参数拔靴法百分率（parametric bootstrap percentages）。为了研究这些间接测量系统发生树精确度有效性，这篇文章的作者通过数据模拟获得真实的系统树拓扑学（topologies），然后检测这些系统重建与这些拓扑学匹配的程度。来自华盛顿大学的共同作者 Stephen Salipante说，“我们的结论是惊人的，范例也是具有多样性”，结果表明没有一种间接方法获得的值与精确度有关系。

在经过同行评审之后，这篇文章被接收并发表了，文章的错误就在于软件中的一个bug，Hall解释道，“在编写软件的晚期阶段，我犯了一个错误，这导致我们得到了一个错误的结论。”

英属哥伦比亚大学（University of British Columbia）的Sarah P. Otto在利用这篇文章准备一个学术讲座的时候，发现一个张图上，一个实例树（example tree）和一个表格的nuoK基因结果之间存在差异，她利用Bayesian概率法研究nuoK树，将这些树与真实系统树进行了手工的比较，结果发现在clade confidence和probability of a clade之间存在紧密的相关性。

因此她联系了Hall，“在我们的email通讯过程中，Barry自始自终都很坦诚，我们都在试图找出到底是怎么了”，Otto说。之后PLoS编辑得知了这个错误，文章被撤销了。

来自加州大学的进化生物学家 Mario Pineda Krch认为，“虽然这一文章被撤销了，但是这对于学术研究却是有利的”，“并且这一过程中Hall博士处理的也十分恰当，Otto教授的敏锐性，以及Hall博士对于其质疑的态度都值得我们赞扬。”
（生物通：张迪）