《Cell》发表哺乳动物microRNA表达图谱

　　

生物通报道：6月29日《Cell》杂志发表的一张microRNA表达图谱提示，哺乳动物为数众多的microRNA只是起源于少数几个microRNA基因，而且组织或细胞特异的microRNA很少。

该图谱对来自人类和啮齿类的26种正常、肿瘤组织的细胞的microRNA表达进行了定量测定。“他们掌握了一种极为有用的资源，”Dartmouth医学院Victor Ambros说（未参与实验），他们在研究中收集的组织种类非常多，并对这些组织中的microRNA的特征进行了系统性分析。

microRNA是动物、植物和病毒中普遍存在的非编码小RNA，通过干扰mRNA的功能调节基因表达。科研人员已经鉴定出多种哺乳动物microRNA，但对这些microRNA中大多数的表达水平和特征都是未知的。

洛克菲勒大学Pablo Landgraf率领的研究小组克隆并测序了256个哺乳动物小RNA数据库中的30多万个序列，找到了大约400个在任何组织都表达的microRNA——比之前预期的要少。约翰霍普金斯大学Joshua Mendell说，这个结果提示在其它研究中找到的几个百microRNA是未知的。

Landgraf等还发现他们测序的microRNA克隆中，97％的来自不到300个microRNA。文章共同作者、瑞士Basel大学Mihaela Zavolan认为许多microRNA在各种组织间是低背景水平表达的（low background level），现在不能确定这些“痕量”microRNA的功能，但很有可能大多数microRNA的功能是不相关的。他们还发现这些稀少的microRNA在物种间的保守性很差。

研究人员发现组织或者细胞特异的micro RNA种类很少，相反，细胞系和组织之间的差异经常局限在一小部分普遍存在的microRNA的表达水平的变化。Mendell说缺乏细胞、组织特异的microRNA并不意味着microRNA没有区分肿瘤起源、组织或细胞的作用。真正重要的是一个给定样本表达的所有microRNA。

此次研究只鉴别出33种新的哺乳动物microRNA。“这真是一件重量级研究，” Ambros说，意味着我们渐渐补全了哺乳动物microRNA的目录，至少是丰富了主要器官和组织的microRNA，还有可能某些功能重要的microRNA只在个别种类细胞中表达，所以没有被检测到。

新绘制的microRNA表达图谱含有许多关于microRNA结构、序列、表达方式和进化的有用信息。Ambros认为这是一个基本数据库，为研究发育和疾病有关的microRNA世界提供了重要线索。（生物通 小粥）

相关文章：
P. Landgraf et al., "A Mammalian microRNA expression atlas based on small RNA library sequencing," Cell, June 29, 2007.

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