生物通报道：美国研究委员会（NRC）在本周发表的一项报告中称，以通过基因组学研究来探索植物秘密的NPGI计划应该拓展其测序能力，并且努力开发出表观基因组学和其他所谓的“omics”（生物组学，生物通注）学科的新工具。

这项由植物遗传学和其他领域的12位专家委员所准备的报告回顾了十年美国基因组学研究计划的成果，并且给出了将来研究的方向和目标。

在这些建议中，12专家呼吁扩大植物基因组测序、植物相关微生物测序、植物相关宏基因组（metagenome）测序和相关高质量注释。（宏基因组（Metagenome）是特定环境或共生体内所有生物遗传物质的总和，是一种不依赖于人工培养的微生物基因组分析技术。宏基因组方法很大程度上依赖于提取DNA的纯度，大片段DNA的成功克隆也是宏基因组方法的关键。生物通注）

为了满足这个要求，这项报告还建议NPGI能够拓展其与DOE联合基因组研究所得现有合作关系，并且能够让研究人员接触合利用新一代测序技术进行基因组学和宏基因组研究。

该报告还鼓励开发一些仔细选择的植物种类的高精度“omics”资源以及一些传统物种的更宽或更窄水平的数据资源。

其他的建议包括使用系统方法来提高美国在重要农作物和树种方面的竞争力，集中研究植物进化，并且将所有这类研究归为植物改良计划。

NPGI计划在1998年由多个机构合作启动。NPGI由Interagency植物基因组学工作组掌管，该工作组包括来自美国科学基金会、美国卫生研究院、美国能源部、美国农业部、美国国际发展署、美国Forest Service和管理预算办公室的代表组成。

NRC的报告包括这项研究计划迄今为止所取得的成果，并指出应该拓宽、深化和多样化他们的研究来反应出今后的要求变化。

根据这项报告，NPGI已经在过去的10年里获得了392项经费资助，总金额达7.74亿美元。这项报告没有提供任何对该计划将来资助的建议。

Jeff Dangl教授表示，除了需要测序更多植物基因组和生物工具外，还需要着力研究植物群落的生物信息学。

根据这项报告，NPGI计划已经测序了拟南芥（Arabidopsis）和水稻基因组，并且取得了大量重要发现。

值得一提的是，这些专家表示，对植物基因组的研究导致发现与几乎所有的重要植物激素相结合的受体分子；了解到这些受体如何控制植物发育程序的信息；如何通过处理种子、花芽或小苗来促使植物开花和结果；叶子、花朵和根如何形成以及植物免疫系统如何控制对病原物的防御。

通过比较从这些研究获得的基因组数据，研究人员获得了很多有关其他重要植物的信息，包括与人类驯化玉米、水稻、番茄和小麦有关的分子事件的新信息。这个研究计划推动了植物生物学领域的发展和私人对研究的投资。（生物通雪花）

美国国家植物基因组计划（NPGI）介绍

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