Affymetrix的基因表达谱有助预测化疗效果

同样的化疗，为什么对有些病人的效果就更好一些呢？美国科学家利用Affymetrix的基因芯片，发现了一种基因表达特征，能预测个体的细胞是否对特定的DNA损伤试剂敏感。

　　

同样的化疗，为什么对有些病人的效果就更好一些呢？美国科学家发现了一种基因表达特征，能预测个体的细胞是否对特定的DNA损伤试剂敏感。

来自马萨诸塞技术研究所的研究小组用一种名为MNNG的烷基化试剂筛选了多种白细胞系，来观察与敏感度和耐受性相关的基因表达模式。研究人员最终准确定位了48个基因，它们的基础表达能预测出MNNG诱导的细胞死亡，准确率达94%，文章发表在《Genes and Development》杂志上。

过去的一些研究证实，人类淋巴母细胞（一种永生化的白细胞）的基因表达模式差异很大。但是还不清楚这是否会影响细胞对外界挑战的反应。

在这项研究中，研究人员用DNA损伤试剂MNNG来筛选细胞。MNNG能使特定的DNA碱基烷基化，导致突变。这种损伤中的一部分可被DNA甲基化转移酶MGMT修复。但是如果没有被修复，DNA错配修复或MMR通路就会靶定损伤的DNA碱基，并引发细胞凋亡。

因此，MGMT活性较低的细胞有可能对MNNG更敏感，而两种通路缺陷的细胞则表现出更多的MNNG抗性，并积累突变。

研究人员使用Affymetrix公司的GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 array来检测24种人类淋巴母细胞细胞系在MNNG处理前后的基因表达差异。这些细胞系来自健康个体，他们彼此之间没有亲缘关系。

他们聚焦于最敏感和最不敏感的细胞系，比较了两组细胞系的基因表达差异。他们发现了两组细胞系中有240个基因差异表达。

研究人员利用计算模型精确定位出正或负相关的差异表达基因，确定了48个基因，它们的基础（处理前）表达能预测出MNNG敏感度，准确率在94%。

接着，研究人员验证了这些结果。他们定量MGMT和C21ORF56两种基因的转录水平，这两种基因在MNNG抗性细胞中表达量很高。有趣的是，他们只检测到MGMT表达和MNNG抗性的弱正向关联。
这意味着新的基因表达检测也许比现有的方法更有效。作者提到：“在预测胶质母细胞瘤的化疗效果时，MGMT沉默是现在常用的方法。但我们的结果表明这48个基因的表达水平可能是更准确的指示剂。”

研究人员还进行了另外的细胞实验和网络分析。他们将与烷基化关联的其他基因和通路汇总，生成了一个超过100个相关基因的网络。即便如此，这48个基因特征仍是MNNG敏感性的最有力的指示剂。研究小组希望这个发现能最终被临床分析的决策者所采信。

（生物通 余亮）