蛋白质组学新工具:“抗体百科全书”

【字体: 时间:2008年12月30日 来源:生命奥秘

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作者:筱玥/编译   
'Antibodypedia'是一个以维基网络为基础的生物抗体信息平台,通过此平台,用户除了可以共享western  blots、免疫组化、蛋白质阵列及免疫荧光等技术所获得的原始数据之外,还可以分享有关抗体的信息。

然而,在花费了大量人力物力之后,残酷的现实摆在我们面前:新订购的抗体却几乎并不适用于所进行的免疫组化实验。这一令人沮丧的情况是不是听起来格外熟悉?正是由于这种令人困扰的经历,以及认识到抗体通常是不可能通用于各种不同实验或检测中的,才促使来自位于Stockholm的皇家技术研究所(Royal  Institute  of  Technology)的Mathias  Uhlén与Erik  Björling致力于建立了一个名为Antibodypedia(http://www.antibodypedia.org/,)的平台,以帮助科学家和相关研究人员更好地开展该领域的研究工作。“每一种抗体都需要在相应的实验或应用中加以验证,而且要尽量采用标准化的方法,而所有这些获得的数据都将在整个研究界得到共享,”Uhlén说,“这就是我们建立Antibodypedia这一数据平台所希望实现的结果。”

每一种进入该平台的抗体,都会附有其通过四种验证试验——western  blot、免疫组化、蛋白质阵列及免疫荧光检测所获得的原始数据。为了简化比较,Uhlén等人为每种试验方法制定了一个评分系统,评分结果分为“supportive”(支持)、“uncertain”(不确定)以及“nonsupportive”(不支持)。

目前,由Uhlén领导建立的Antibodypedia数据库仅包含针对人类蛋白的抗体,而且种类也非常少,仅仅只有3900种多克隆抗体。不过这些抗体都经过了上述4种标准试验方法的检验。

在10月,Antibodypedia数据库的开发人员还将向其他科研人员发出邀请,请他们将他们的抗体和相关经过试验验证的数据充实到Antibodypedia数据库中来。这些外部的数据也可以用来验证Uhlén等人所采用评分方法的可靠性。不过Uhlén对他们的评分系统还是非常有信心的。他表示:“这套评分系统只是一个初步测试,我们的抗体对于每一项试验方法是否适用,都会在某个时刻得到彻底的验证,但使用我们的评分系统先对它们(抗体)进行一下测试还是非常有价值的。”很快,Antibodypedia数据库还将使用重组亲和试剂(recombinant  affinity  reagents)和其它的试验方法来验证他们抗体的效果。

外部提交的数据首先将由一名编辑进行评估审核,然后才会提交给数据库,不过数据库最终还是要依靠广大的使用者来判读这些数据的真实价值。使用者不能编辑数据,但我们鼓励大家留下宝贵意见以及对哪些无法在实验中进行重复的确认数据进行标注。

 

原文摘要:http://www.signaling-gateway.org/update/updates/200810/nmeth1008-860.html
 
 

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