在水稻上，成功开发控制稻米品质形成的淀粉合成相关酶基因分子标记35对，精细定位和图位克隆水稻籽粒宽度基因GW5、显性矮秆基因（dx）、水稻穗部性状突变体ap、水稻花粉隐性核不育基因ms～nop、香味基因和红莲型恢复基因Rf6（t）；获得水稻白化基因共分离SSR标记3个，第4染色体上白背飞虱拒食抗性基因qSI～4的分子标记M3013和M6603、第6染色体上白背飞虱杀卵抗性基因qOVI～6的特异分子标记M2324和M2529、第3和第6染色体上大粒基因（GW3, GW6）的特异标记RM282、RM6836、第2染色体上少蘖基因（ft）的分子标记RM6874和RM5764等。

    开发出小麦高分子麦谷蛋白亚基By8、By16、Dx5、Bx14和Bx17，低分子量麦谷蛋白亚基Glu～D3、Glu～B3基因单元型及多酚氧化酶活性（Ppo～2A, 2D）、黄色素（Psy～A1）和抗穗发芽（VP～1B）基因的功能标记；获得小麦抗条锈新基因YrC108、YrC142、YrC110和Yr26，抗白粉病基因Pm6和Pm12，抗赤霉基因（3B）和抗黄矮病基因Bdv2的分子标记。

    在玉米染色体2和3上获得2个“一致性”抗病丝黑穗病基因的SCAR标记scar～195（2.6cM）和scar～111（2.4cM），抗玉米纹枯病QTL的临近SSR标记umc1245（0.01～5.89 cM），第6和第9号染色体上的抗穗粒腐病QTL邻近分子标记aggcaa675和acactt825。

    获得大豆耐盐基因的CAPS标记1个和SNP标记4个，大豆过敏蛋白Gly m Bd 28K的In/Del标记1个。在大豆B2和L连锁群检测到2个产量QTL，获得稳定表达的四粒荚和单荚粒数QTL，在A2连锁群的Satt424~Sat_162区间检测到干豆腐和干豆乳得率主效QTL各1个，在连锁群H上qRMC～h～1 和D1b连锁群上qRMC～d1b～2区间检测到抗筛豆龟蝽QTL。

    开发油菜含油量相关功能基因标记65个，蛋白质含量的功能标记ESTP 35，芥酸功能基因的Indel标记1个，油酸合成基因FAD2的SCAR标记1个。将油菜黄种皮基因定位于拟南芥的第5染色体，并获得两侧分子标记距黄种皮基因的距离分别为0.36cM和0.56cM，在甘蓝型油菜LG20连锁群上检测到2个硫苷含量QTL，获得4个与油酸含量相关的QTL（OAQ1、OAQ2、OAQ3和OAQ4），位于N13、N8、N13和N1连锁群，3个抗甘蓝型油菜菌核病QTL，3个花生油份含量QTL（oilc01、oilc02和oilc03），6个花生抗黄曲霉侵染QTL。

    开发出抗马铃薯晚疫病基因的CAPS标记8个和AFLP标记14个。获得白菜雄性不育AFLP标记8个，甘蓝显性雄性不育基因Ms标记12个，抗番茄黄萎病基因的SSR和AFLP标记4个，抗CMV基因的ISSR分子标记2个，抗根结线虫基因的AFLP分子标记1个，黄瓜苦味基因的SCAR标记SC87。在林木上，获得桃有毛/无毛的SCAR分子标记，桃果实酸基因的SCAR分子标记，桃白肉基因的分子标记UDP98～407(680 bp)，樱桃自交可育性状基因的共分离AS～PCR分子标记。

    克隆出在杨树木材形成后期特异表达基因的启动子3个，从毛白杨形成层cDNA中分离出PtABP1基因全长cDNA序列，获得与杨树次生生长相关的蛋白AAO49811。