人类口腔微生物组数据库公布

　　

生物通报道：来自英国Forsyth研究所和伦敦国王学院的研究人员公布了口腔微生物研究的一个新研究工具——人类口腔微生物组数据库（the Human Oral Microbiome Database，HOMD）。

 

HOMD的目的在于为那些有兴趣研究卫生在人类健康和疾病中作用的研究人员提供一个资源库。这个线上数据库将包括细菌的描述，包括它们的分类、表形特征、流行学和疾病相关性。

 

HOMD本身包含了一些基因组数据库，并且还将增加继续增加。人类口腔中大约有600种可能的细菌种类，并且一些人口腔中有其中三分之一的细菌种类。这些细菌不但对牙齿和牙龈健康有重要影响，而且还可能对整个身体的健康有影响。例如，一些口腔细菌与心血管健康、中风等有关。

 

尽管数百种口腔细菌具有16S rRNA序列，但大部分还没有命名也没有鉴定。HOMD希望弥补这一缺憾，该计划给出了迄今未知种的个人命名构想。

 

600多种细菌的分类描述讲在明年年底完成。而且，该数据库本身还在至少三年内不断扩充。该计划获得了NIDCR（National Institute for Dental and Craniofacial Research）的资助。

 

Forsyth的科学家Floyd Dewhirst在一份声明中表示，他们相信人类口腔微生物组数据库将会非常有用，不但对牙齿研究组织有帮助，而且对普通医学和传染病领域也有很大的帮助。他们细微这个数据库中的信息能够成为人类肠道、皮肤和阴道微生物组计划的一个模型。

 

有关人类口腔微生物组数据库的更多信息可在以下地址获得：http://www.homd.org。（生物通雪花）

 

宏基因组的研究新进展

研究海洋微生物的科研人员开发出一种联合基因表达分析和宏基因组（metagenomics）的方法。

 来自美国麻省理工和宾夕法尼亚州大学的研究人员通过联合使用RNA扩增和新一代测序技术，分校了一个海洋微生物群落的基因表达和宏基因组。这项研究的结果发表在近日的《PNAS》杂志上。该研究不但证实了一些之前的发现，而且获得了一些意外发现——包括广泛表达的未知或假设基因。

 研究人员对北太平洋的一个整体的群落进行了研究。为了增加可检测到的基因数量，他们利用RNA扩增方法来增加他们的总信号。

 接着，研究人员利用测序仪捕捉了cDNA和基因组DNA。通过比较序列，他们还分析了序列多样性情况。为了验证他们的结果，他们还使用RT-qPCR和qPCR进行研究。

 他们的分析发现了大量的与光合作用、碳固定合氮获得有关的基因。有趣的是，他们发现编码一种光活行色素的基因尤其丰富。

“宏基因组（Metagenome）”是由Handelsman等1998年提出的新名词，其定义为“the genomes of the total microbiota found in nature”，即生境中全部微小生物遗传物质的总和，目前主要指环境样品中的细菌和真菌的基因组总和。宏基因组文库既包含了可培养的又包含了未能培养的微生物基因，避开了微生物分离培养的问题，极大地扩展了微生物资源的利用空间。

 宏基因组是特定环境或共生体内所有生物遗传物质的总和，是一种不依赖于人工培养的微生物基因组分析技术。宏基因组方法很大程度上依赖于提取DNA的纯度，大片段DNA的成功克隆也是宏基因组方法的关键。