《科学》：拟南芥蛋白质组被绘制

　　

生物通报道：发表在25日的《科学》杂志上的一篇文章中，一个国际研究组描述了破译和绘制拟南芥蛋白质组的研究计划进展。

 

这项研究不但分类了有些器官特异性蛋白质和生物标志物，而且还对拟南芥基因密码和它编码的蛋白质之间的关系有了新了解。整个研究中，这个研究组鉴定出了根据已有拟南芥遗传资料预测出的蛋白质的一半。

 

Zurich大学模式生物蛋白质组中心和植物学研究所的研究人员、该文章的首席作者Sacha Baginsky表示，根据预测的蛋白质组，他们找到了大约50％的蛋白质。研究组花费了三年的时间收集和分析有关六种不同拟南芥器官在不同发育阶段时的蛋白质数据。

 

他们利用高通量鸟枪法（shotgun）蛋白质组学方法分析了蛋白质含量，即利用质谱分析混合物中未知蛋白质的方法。首先，他们获得一种复杂肽混合物，然后在反相柱中分馏。

 

值得一提的是，研究组利用1354四极杆－线性离子阱串联质谱仪对六个植物器官中的蛋白质含量进行了分析。然后，他们利用两国处理软件——PeptideProphet和PepSplice来分析这些数据，最终匹配了86454个特殊的肽序列和13029个蛋白质。

 

尽管这些数据的获得的相对较快，但研究人员指出，这些数据的分析处理更加耗费精力。为了处理这些数据，研究作构建了它们自己的数据库用于上载、搜索和数据分析。

 

这个数据库目前还没有公开，但是这项实验获得的结果已经公布。他们将会通过PRIDE数据库公布。研究人员他们的方法并不能将所有蛋白质都鉴定出来。因为一些蛋白质的含量明显要比其他蛋白质的量大。这种方法偏好较大量的蛋白质。许多预测出但没有鉴定出的蛋白质的含量比较少，他们使用的检测方法只能检测出高转录水平的蛋白而无法鉴定小蛋白。

 

尽管如此，研究人员能够通过使用高通量蛋白质组学方法，见到出不同植物组织和器官的各种蛋白质，并且利用化学片段构建不同蛋白质库用于分析。

 

在所有样本中重叠的蛋白质是核心蛋白质组，即对所有植物组织都很重要的蛋白质，其他一些则是组织特异性的。事实上，利用基因分类方法，该研究作鉴定出了571个器官特异性生物标志物。

 

与转录调节和信号途径相关的蛋白质在大部分样本中表达很少，尽管这些蛋白与重要代谢过程有关。特定器官中含量最多的蛋白质往往因器官的功能不同而有所变化。（生物通雪花）