Proteopedia-蛋白研究新资源

　　

生物通报道：许多生物学家和生化学家都希望获取生物大分子的3D图像，用于生物功能和疾病的研究。一般研究人员都是通过对相关内容的分析获得对生物大分子结构的了解，现在一个由以色列魏茨曼科学研究所（the Weizmann Institute of Science in Israel）的研究人员开发的合作性网站将已有资料信息和三维结构信息联系起来，提供了称为Proteopedia的研究新资源。

这一维基（wiki）网站资源首先公布在BioMed Central开发期刊《Genome Biology》上，其中的研究人员包括魏茨曼科学研究所的Jaime Prilusky，Eran Hod，Joel L. Sussman等人，Sussman表示，“利用 Proteopedia，任何人都能轻易将生物大分子与其3D结构联系起来。”

Proteopedia主要是通过将蛋白结构和其它生物大分子以相互作用（interactive）的形式展现出来，并且在这些形成的影像周围注明描述性的文字，包括改变表现形式（视图，表现，颜色或标签）的一些超链接，来帮助读者更容易理解这些复杂的结构信息，尤其是度于那些并非结构生物学家的研究人员而言。

除了目前Proteopedia的使用者添加的内容以外，在蛋白数据库（Protein Data Bank）中超过5万个项目的每一页上，都可以通过子信息自动生成，获得对于使用者有用，并且能扩充的网页。科学协会的成员已受邀通过用户账号，编辑已有的页面，以及创造更多的页面。

Hodis表示，“我们将Proteopedia呈递给科学协会，评估其功效及价值，我们衷心希望这能成为建立3D结构和功能之间关联的一种有效的，成功的方式。”

（生物通：张迪）

注：

1.生物大分子

像氨基酸、脂肪酸等都叫做生物单分子，是与生命有着密切关系的物质，它们是构成大分子的基本物质。生物大分子是构成生命的基础物质，包括蛋白质、核酸、碳氢化合物等。生物大分子指的是作为生物体内主要活性成分的各种分子量达到上万或更多的有机分子。常见的生物大分子包括蛋白质、核酸、脂类、糖类。

这个定义只是概念性的，与生物大分子对立的是小分子物质（二氧化碳、甲烷等）和无机物质，实际上生物大分子的特点在于其表现出的各种生物活性和在生物新陈代谢中的作用。

2.信息。



八、 Wikipedia（维基百科）

　维基百科是目前世界上最大的Wiki系统，它是一个基于Wiki和GNU FDL的百科全书网站系统。该系统于2001年1月投入运行，2001年2月超过1,000条条目，2001年7月超过10,000条条目，目前（2003年1月）已经接近100,000条目。截止到2003年10月，40个语言版本的维基百科总文章数超过30万条，而且非英语版本的总文章数首次超过英语版本。Wikipedia条目的迅速增长说明了Wikipedia系统的健壮，也说明了Wiki的概念是经得起验证的。

　 维基百科最初的构想是在Larry Sanger（当时Nupedia的主编）和一个电脑程序员Ben Kovitz于2001年1月2日在美国加利福尼亚州的一次谈话中最早提出的。Kovitz当时是wiki程序的协作开发者之一（现在依然是）。当他在晚餐中向Sanger解释wiki的概念时，Sanger立即发现wiki可能是创建一个更开放的百科全书计划的技术。在此之前几个月，Sanger和他的老板，Jimmy Wales，Bomis, Inc. 的总裁兼CEO，讨论过如何通过建立一个更开放、轻松的计划来协助Nupedia的发展。

　英文维基百科在2001年2月12日达到1,000页，9月7日达到10,000条条目。在计划的第一年，有超过20,000条条目被创建，平均每月1,500条。2002年8月30日，已经有40,000条条目。成长的速度从计划之初就在平稳增长。

　随之而来的就是国际化的维基百科。2001年5月，12个非英语维基百科版本计划开始（包括了阿拉伯语, 中文注1，荷兰语，德语，世界语， 法语，希伯来文，意大利语，日语，葡萄牙语，俄语，西班牙语和瑞典语）。到九月，由有三个语言版本加入了维基百科大家族。到了该年度末，挪威语等另外三个语言版本也宣布成立。
　

原文摘要：

Genome Biology 2008, 9:R121doi:10.1186/gb-2008-9-8-r121
Proteopedia - a scientific 'wiki' bridging the rift between three-dimensional structure and function of biomacromolecules
[Abstract]