三大新一代测序仪大比拼

Agencourt Bioscience公司研究人员用了三个不同的平台：454生命科学（Roche）的FLX、Illumina 1G和ABI的SOLiD系统对一种树干毕赤酵母的突变株进行测序，结果表明这三种新一代的高通量测序技术都能够完全并准确地测定突变菌株的基因组。

　　

Agencourt Bioscience公司（贝克曼库尔特的子公司）做了一个很有意思的实验，将目前市场上最主流的新一代测序平台进行了比较，结果将发布在《Genome Research》的十月刊上。

文章主要聚焦在一种树干毕赤酵母（Pichia stipitis）的突变株。这种菌株能将木糖发酵成乙醇，对于生物能源的开发有着很大的潜力。研究人员用了三个不同的平台：454生命科学（Roche）的FLX、Illumina 1G和ABI的SOLiD系统，然后将所得数据与之前测序的亲本菌株进行比较。结果表明这三种新一代的高通量测序技术都能够完全并准确地测定突变菌株的基因组。

这个高效的突变株是从反复的化学突变、筛选、转化和遗传操作中开发出来的，前后共花费了7年时间。研究人员用三种平台分别测序，发现ORF突变少于12个。这三种测序技术在10-15倍序列覆盖度时，都能够鉴定出每个单核苷酸突变。

Agencourt赞助这项研究的目标是为了展示新一代测序平台的能力，并为这些新技术的比较提供一个衡量标准。这也是第一次用同一种生物进行的测序比较研究。用SOLiD和454平台进行测序是由Agencourt基因组服务联合ABI共同完成的，而美国能源部联合基因组研究所完成了Illumina平台的测序工作。

Agencourt基因组服务的科技主管Douglas R. Smith表示：“新一代测序平台的应用大大加速了生物能源与生物技术应用中新物种的开发。作为最大的测序服务供应商，我们应提供一种衡量标准，使每个客户能应用最好的平台。我们会继续这类研究，以确保我们使用了最先进的平台来测序。”

Agencourt Bioscience公司是贝克曼库尔特的全资子公司，它是生命科学研究中核酸纯化产品和基因组服务的领先供应商。Agencourt基因组服务中心是世界上最先进的商业化测序机构，同时提供Sanger和第一代测序服务。

原文标题：Rapid whole-genome mutational profiling using next-generation sequencing technologies

Genome Res. Published September 4, 2008, 10.1101/gr.077776.108

[Abstract] [PDF]

（生物通 余亮）