两大顶尖研究院升级测序装备

【字体: 时间:2009年11月10日 来源:生物通

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  Wellcome Trust Sanger研究院计划在未来的一年里升级测序装备。目前Sanger研究院的硬盘容量为3 petabyte(拍字节,相当于GB的百万倍),它计划在明年再增加800 TB(terabyte)。美国著名的麻省理工和哈佛大学Broad研究院则从Illumina公司购买了30台Genome Analyzer,这样该研究院中Illumina测序仪的数量升至89台。

  

英国Wellcome Trust Sanger研究院是世界顶级基因组研究中心之一。根据该研究院2008/09的年度回顾,它计划在未来的一年里升级测序装备。目前Sanger研究院的硬盘容量为3 petabyte(拍字节,相当于GB的百万倍),它计划在明年再增加800 TB(terabyte)。另外,它还计划将300个服务器虚拟成不到20个刀片计算机,大大降低空间和能源的损耗。

Sanger研究院还表示,它将会把测序的重心从千人基因组计划和癌症基因组计划等大规模项目转移到临床研究,致力于从病人样品中获得序列信息。“主要的挑战在于了解变异的重要性,以及它对个体来说意味着什么。”

Sanger明年的计划还包括:探索云计算等新兴技术;开发新的统计学策略以确定对人类疾病很关键的通路及网络;继续大规模功能研究中的精选基因发现;将千人基因组计划和其他研究的大规模测序数据组整合;利用模式生物进行特定疾病基因和通路的功能研究。

根据年度回顾,Sanger研究院每年的花费在8 -9千万欧元,约合1.325-1.49亿美元。其中1430万欧元来自Wellcome Trust信托基金会本身,其他资金来自欧盟、英国医学研究理事会、英国癌症研究院和美国NIH等其他机构。

几乎同时,美国著名的麻省理工和哈佛大学Broad研究院从Illumina公司购买了30台Genome Analyzer,这样该研究院中Illumina测序仪的数量升至89台。

Broad研究院测序部门的主管Robert Nicol提到,新购买的仪器将用于全基因组、全外显组和全转录组的测序分析。他表示,Broad研究院对该技术的准确性、易用性和可扩展性很满意,而且持续的系统改良让他们能够在多次运行中产生50 GB以上的高质量序列数据。

近日,Broad研究院也发布了一项历时3年的测序成果。他们所领导的研究小组对一匹名叫“黎明”的雌性“纯种马”进行了基因组测序。他们发现,“纯种马”基因组共有25亿至27亿个碱基对,比家养狗的基因组碱基对稍多,但低于人类以及牛的基因组碱基对数量。该项研究发表在11月6日出版的新一期《科学》杂志上。(生物通 余亮)

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