Nature头条:中国科学家基因组新成果

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2009年12月16日 来源:生物通

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  来自深圳华大基因研究院领衔,中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心的研究人员近期公布,大熊猫基因组测序研究项目完成,并绘制出大熊猫基因组精细图。这是中国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进行测序研究。

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生物通报道:来自深圳华大基因研究院领衔,中国科学院昆明动物研究所、中国科学院动物研究所、成都大熊猫繁育研究基地和中国保护大熊猫研究中心的研究人员近期公布,大熊猫基因组测序研究项目完成,并绘制出大熊猫基因组精细图。这是中国科学家第一次全面系统地对大熊猫基因组进行测序研究。

昨日Nature的头条报道了这一研究成果,这是继第一个黄种人基因组后的又一生命科学的里程碑式贡献,也是科学家第一次全面掌握大熊猫的基因资源,对其在分子水平上的保护具有重要意义。该研究的基因组样品是取自北京奥运会的吉祥物动物“晶晶”。

这一研究工作是全球第一个使用新一代合成法测序技术完成的基因组序列图,全部组装和分析软件都是深圳华大基因研究院自主编写的。该成果证明了短序列也能组装成完整基因组,并将成为基因组绘图的国际标准。新的测序技术使得成本降低了几个数量级,时间也缩短了几倍,极大加速了解码生命的进程。

此项目自2008年3月启动,已经完成了大熊猫“晶晶”基因组精细图的测序和组装工作。大熊猫有染色体21对,基因组大小2.4G,重复序列含量36%,基因2万多个。经过二倍体测序,证明大熊猫基因组仍然具备很高的杂合率,从而推断具有较高的遗传多态性,不会濒于灭绝。经过对同源基因的分析发现,大熊猫不喜欢吃肉主要是因为一个基因T1R1失活了,无法感觉到肉的鲜味,但是大熊猫本身没有能够消化竹子纤维的基因,消化竹子纤维则主要靠胃肠道细菌群。在已经进行全基因组测序的物种中,大熊猫基因组与狗的基因组最接近;数据分析结果同时还进一步支持了大多数科学家所持的“大熊猫是熊科的一个亚种”的观点,证明了熊科内部各类群的分类情况。

大熊猫基因组精细图这一研究成果,填补了大熊猫基因组及分子生物学研究的空白,将从基因组学的层面上为大熊猫的保护、疾病监控及其人工繁殖提供科学依据。

这是中国科学家的又一基因组研究成果,去年深圳华大基因研究院,北京大学,中科院北京基因组研究所等发布了第一张亚洲汉族个体的个人基因组,成果公布在Nature杂志上。

同样研究人员以大规模平行测序技术(massively parallel signature sequencing,MPSS)为基础对整个基因组进行测序,测序量达到36倍覆盖率,并且比对了NCBI人类相关基因组,短阅读序列达到99.97%覆盖率,而且根据参考的基因组,研究人员利用唯一的mapped reads获得了一个92%亚洲个体基因组的高质量序列集合。同时研究人员从中识别出了大约300万个SNPs,其中13.6%在dbSNP数据库中没有出现过,基因型分析证明这些SNP具有高精确性和一致性。

(生物通:万纹)

 

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