Sanger microRNA数据库(miRBase)升级至13.0版

【字体: 时间:2009年03月17日 来源:生物通

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2009年3月9日,Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至13.0版。在最新版本中,通过验证的microRNA发夹前体增至9539条,新增920条,成熟miRNA序列增至9169条,新增1004条。


新增microRNA序列主要集中在哺乳动物,其中Homo sapiens (人),Mus musculus (小鼠),Ovis aries (牛),Sus scrofa (猪),Canis familiaris (狗)分别新增19条,62条,209条,9条和112条microRNA。许多植物物种的miRNA序列信息也有显著增加,包括:Oryza sativa (水稻),Zea mays (玉米),Glycine max (大豆),Brassica oleracea (甘蓝),Brassica rapa (芜菁),Physcomitrella patens (小立碗藓),Medicago truncatula (蒺藜苜蓿)。


除此之外,新版microRNA数据库第一次报道了18个物种的microRNA信息,它们是14个动物物种:Branchiostoma floridae (文昌鱼),Strongylocentrotus purpuratus (紫海胆),Saccoglossus kowalevskii,Ixodes scapularis (黑脚硬蜱),Locusta migratoria,Schistosoma japonicum (日本血吸虫),Schistosoma mansoni (曼氏血吸虫),Capitella sp. I,Haliotis rufescens (红鲍),Lottia gigantea,Cerebratulus lacteus,Hydra magnipapillata,Nematostella vectensis,Amphimedon queenslandica 。


2个植物物种:Lotus japonicas (百脉根),Vigna unguiculata (豇豆)。
2个病毒物种:Herpes Simplex Virus 2 (单纯疱疹病毒2型),Merkel cell polyomavirus (默克尔细胞多瘤病毒)。


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关于miRBase
miRBase序列数据库是一个提供包括miRNA序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息,详情请访问<
http://microrna.sanger.ac.uk/>。

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