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十大杰青最新文章解析表达谱分析
【字体： 大 中 小 】 时间：2009年03月24日 来源：生物通
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生物通报道：来自中国科学院北京基因组研究所的消息，中科院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室与华东师范大学生命科学学院的研究人员以中华绒螯蟹血液为材料，利用EST分析的手段对中华绒螯蟹转录组进行了研究。这一研究成果公布在爱思唯尔期刊《水产业》（Aquaculture）上。
领导这一研究的是陈立侨博士，其早年毕业于华中农业大学，现任华东师范大学生物系教授，获得上海十大杰出青年称号。主要研究兴趣包括：（1）水生动物营养学；（2）水生动物应用遗传与育种学；（3）动物系统学与进化生物学。
甲壳动物养殖在全世界水产养殖业中占有极其重要的地位，2004年，在世界水产品生产总值中，甲壳动物总重量虽仅占6.19 %（约3.68 百万吨），但总价值中却占到了20.4 %（约1.44 百亿美元）。中华绒螯蟹俗称河蟹，是中国著名的淡水蟹，具有重要的经济价值，从80年代以来河蟹养殖业发展迅速，已成为水产养殖支柱产业之一。伴随着养殖业的迅猛发展，甲壳动物的病害也呈上升趋势，在河蟹众多病害中，颤抖病是最为常见、危害最为严重的一种。此暴发性疾病往往造成严重的经济损失,死亡率达70%以上。它的病害防治，至今仍是水产界面临的难题之一。甲壳动物缺乏特异性的免疫系统，它们的免疫防御主要由细胞和体液免疫系统所组成，通过血细胞或淋巴细胞的吞噬、包囊作用排除异己的微生物和病原体。抗菌肽(antimicrobial peptide，AMP)作为其中一种免疫因子在生物中广泛存在，它是在外界条件刺激下，生物免疫防御系统产生的一类对抗外源性病原体致病作用的具有免疫活性的多肽物质，是脊椎动物、无脊椎动物和植物先天性免疫的关键因子。而在淡水种类如中华绒螯蟹中还未见相关报道。为了充分鉴定河蟹的免疫相关的基因，发现潜在的抗菌肽，提高蟹体自身免疫能力，中科院北京基因组研究所基因组科学及信息重点实验室与华东师范大学合作，以其血液为材料，利用EST分析的手段对其转录组进行了研究。
科研人员对样品随机测序（5’端）3118条，一共得到3041条高质量的EST序列，并最终得到1039条unigene（319条contig和720条singleton）。通过与公共数据库内的序列进行比对，总共注释了488（47%）个基因。通过基因表达丰度和功能分析（主要是GO和KAAS），对其基因表达谱特征有了全面的认识。其中与免疫相关的基因共鉴定到26个基因，根据其功能主要分为五类——抗菌肽、酚氧化酶系统、超氧化物歧化酶系统、凝结系统和模式识别分子。主要的免疫因子为Kazal-type proteinase inhibitor和the C-type lectin，我们还鉴定到三种潜在的抗菌肽分子，为之后克隆其全长基因序列并研究功能奠定了基础。
附：
年轻有为 奋斗是金——访华东师范大学博士生导师陈立侨教授
中央人民广播电台《客家频道》 记者 谢治国
２００１年３月，我有幸应上海知识分子联谊会的邀请，到上海出差采访。在梅州老乡丘峰先生的引见下，我与同为梅州老乡的华东师范大学博士生导师陈立侨教授聊到了一起。人在他乡，用自己的“阿姆话”沟通，一种久违的亲近感油然而生。在无拘无束的气氛中，我与陈教授谈得甚为投缘，这使我有机会了解到陈教授从一个农家子弟到成长为一个博士生导师的过程。了解到他的人生态度，对事业、对家庭、对父母以及对客家精神的理解。在整个采访中我强烈地感受到，陈教授取得成就背后所付出的努力，一个农家子弟身上的奋斗精神，他达观的秉性和吃苦的耐受力造就了今天事业上的成功。当我们去追寻他的成长经历的时候，会给我们留下很多的思考和启发。
陈立侨，广东梅州人，２０世纪６０年代出生在梅县的一个农民家庭。是目前中国学历最高的少数人之一，华东师范大学的年轻的博士生导师，上海十大杰出青年。他的专业方向是水生物营养学和甲壳动物生物学，讲得通俗一点，他是研究鱼、虾、蟹等水生物生长、繁殖规律的。
由于众所周知的历史原因，少年的陈立侨就品尝了生活的辛苦，初中毕业后就回到家里干活。除了学会干各种农活外，还当过建筑工人，修公路，并也在农科所呆过。
如果日子就过下去的话，也许陈立侨就没有了今天这样的事业。但是，命运之神给了他一次机会，陈立侨牢牢地抓住了，此后他走上了另外一条人生之路。１９７７年中国恢复了高考制度，此时的陈立侨仍在农村干活。
时间到了１９７９年，一天，他的母亲在圩上见到了陈立侨读小学三年级时的语文老师，可能是小时候的陈立侨给这个老师留下过较深的印象。这个语文老师问起了他当年学生的情况，当得知学生还呆在家里干活的时候，他向陈立侨的母亲提出应该让儿子去读书，这一提醒改变了陈立侨的命运。陈立侨开始了他已经中断的学业。他以一个社会青年的身份考上了高中，经过社会磨炼的陈立侨很珍惜这个机会。他回忆说：“两年的高中生活过得十分紧张，我可以这样说，做作业可以做到凌晨三、四点钟，做作业都忘了时间，所以两年以后考大学，分数还是考得比较好的。”
然而，当年陈立侨的高考分数虽然很高，但却没能读上自己喜欢的专业，而是上了当时并不为人们所看重的农业院校，这个农家子弟最终还是没有丢掉农字。他说，那时候打击是有的，但他比较快的调整过来，很快又找到了新的奋斗目标，给自己提出了新的要求。
陈立侨进入大学，他的内心深处就给自己定了一个目标，读完大学后，读研究生。这也促使他充分地利用大学的时间。古语说，苦心人，天不负；有志者，事竞成。陈立侨的不懈努力使他赢得了很好的发展机会，大学毕业后，他被学校推荐到中国科学院读硕士研究生，后又免试直读博士研究生。
陈立侨向我回忆起了当年他被推荐中国科学院的情况。当时的中国科学院有两个成见：两种人他是不要的，一种是师范的，一种是农科院的，凡不是综合大学都不想要。而当陈立侨与中科院的导师交谈几分钟后，导师决定要了他。导师觉得他这么一个农家子弟，并且有这么一个经历，应该以后会比较有作为。导师还特别叮嘱他，要他好好学，争取不但是硕士免试直升，而且要硕博连读，并且导师还希望陈立侨用五年的时间就拿下博士学位。陈立侨作为一个质朴的农家子弟，深得师长赏识，并且自己也非常之用功。他的导师曾经跟他说，你的这个博士论文到底要到怎样的水平才算够格，作为导师本人也不好说，但他的导师又说一个起码的要求就是要能说服论文答辩组的老师，说服中科院的五个院士。
此时，陈立侨为了掌握第一手资料，来到了偏僻农村。幸好他从小就生长在农村，能吃苦，有很强的适应和生存能力，干什么事都拿得起放得下，比如自己组织人下塘拖网，一身泥一身水，而且还是长时间的远离城市，在乡下做试验。回忆起这件事，陈立侨感到很欣慰，虽然条件辛苦，但收获也是很大的。
陈立侨的试验做出来后，在论文答辩的时候，其中有一个院士说，２０多年来，他还没有看到过像陈立侨写的这么好的文章，他觉得陈立侨的试验很好地把整个生产实际、实验室有机地结合起来，把大小生态结合都结合起来了。
正是陈立侨的刻苦勤奋和扎实的功底，使他的成绩斐然。
１９９０年他博士毕业，１９９４年就被评为正教授，１９９５年就成为博士生导师，如今是华东师范大学生命科学院副院长。并且在１９９６年被评为上海十大杰出青年。陈立侨告诉我，在评选上海十大杰出青年的时候，评委对他一个农家子弟的生活成长经历很感兴趣，认为陈立侨的成长经历很有典型意义。按陈立侨的话说就是“这个人小时候是在山里的，是在一个农民的家庭里出生长大的，如此辛苦的条件下，他是如何从山里滚出来的，爬出来的。我评正高的时候，是我们学校有史以来评正高最年轻的。”
今天，陈立侨已从广东梅州的一个农家子弟成长为学有所成的专家、教授，但他并不满足，他觉得，人生之路还是刚刚开始，应该站在人生的制高点看问题，要有开阔的思路和超前的眼光。陈立侨觉得搞研究的人，如果要想立足，特别是在新的时期，要做出点成绩，起码要立足两个方面，第一个要有国际的眼光、全局的眼光，要能够同国外的专家自由交流；第二个要跟生产相结合，结合以后要做出一个产业的东西来，这样才会更有生命力，才是真正体现发展是硬道理。
志当存高远，回顾自己的奋斗道路，陈立侨教授除了感谢少年的磨炼，使自己在生活的道路上收益无穷外。他还特别强调，年轻人在年轻时候应该静下心来，做些比较扎实的东西，使自己的人生有一个坚实的基础。他说：“一个人在年轻的时候，需要做一部分或一段时间看上去不值得做的事情，但是这些东西可能是比较基础的东西，必须要做这些事情，然后有一个升华阶段。”
陈立侨觉得，只要努力，生活就会好起来。他认为，客家人的在逆境中奋斗的精神让他收益无穷。
“沧海横流，方显英雄本色。”生逢盛世，天地广阔，年轻有为的陈立侨教授，步伐坚实，思路明晰，他有一股百折不挠奋斗精神，一定会有更大的成功，在这个异彩纷呈的时代展现出自己的聪明智慧和独特创造。
原文摘要：
Discovery of immune-related genes in Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis) by expressed sequence tag analysis of haemocytes
To identify distinctive genes associated with immunity in the Chinese mitten crab (Eriocheir sinensis), an expressed sequence tag (EST) library was constructed from haemocytes of this economically important species. 3118 clones were unidirectionally sequenced and analyzed by homology searches against sequences in the GenBank, KEGG and Uniprot. Significant homology (BLASTX, e-values < 10− 5) to known genes was found in 488 of the 1039 unique sequences. The automatic functional classification based on KEGG and Gene Ontology revealed 26 putative immune-related genes (2.5% of all unique sequences, 18.9% of all ESTs). These 26 genes coded for enzymes and proteins in the clotting and prophenoloxidase-activating system, antioxidative enzymes, antimicrobial peptides, and pattern recognition molecules. The existence of these molecular processes in the activation of cellular defense in crab has not been previously reported. According to EST abundance, the major immune-related genes were the Kazal-type proteinase inhibitor (337, 11.1% of all ESTs) and the C-type lectin (72, 2.4%). The EST sequences of mitten crab haemocytes provide important information for understanding the evolution of the immune system among crustaceans in general. This study lays the groundwork for development of molecular markers related to disease resistance in the crab.
