候选院士09年发多篇文章

　　

生物通综合：来自中科院上海科学研究院上海交通大学医学院健康科学研究所孔祥银研究员2009年在他所在的分子遗传学研究领域取得骄人的成绩，连续发表了多篇文章。

Dosage compensation on the active X chromosome minimizes transcriptional noise of X-linked genes in mammals

传统理论认为单拷贝表达基因的转录噪音（转录本丰度的变异）通常比双拷贝表达的基因高。在哺乳动物，雄性和雌性都仅有一条X染色体表达， 这种状况会不会造成X染色体转录噪音比常染色体高？ 同时， 雌性里失活的X染色体上一些基因会逃脱失活， 这会不会也为X染色体表达带来更大的变异？同时基因组内还存在一些单拷贝表达的常染色基因， 它们也会不会有较高的表达噪音？

中科院上海生命科学研究院上海交通大学医学院健康科学研究所分子遗传实验室殷善叶博士等，在孔祥银研究员的指导下，与巴斯大学Hurst教授合作，通过整合大规模芯片数据和生物信息学分析，发现X染色体基因表达噪音并不比常染色体高；而常染色单拷贝表达的基因的确具有较高的噪音。逃脱失活并不会为这些X染色体基因带来更高的表达丰度或表达噪音。 他们进一步发现基因表达丰度是决定表达噪音的重要因素；升高表达水平能降低基因的表达噪音。

X染色体通过剂量补偿机制，达到和常染色体相似的基因表达丰度。该工作首次发现了X染色体不仅基因表达剂量存在补偿， 其表达噪音也得到了 “补偿”；并提出单拷贝的X染色体基因表达剂量补偿在一定程度上是为了降低其有害的基因表达噪音。这一研究结果在线发表在2009年的《Genome Biology》杂志上。该项工作得到了国家科技部、国家自然科学基金委和中科院项目的支持。

Gain-of-Function Mutation of KIT Ligand on Melanin Synthesis Causes Familial Progressive Hyperpigmentation

发表在《The American Journal of Human Genetics》上，发现KITLG基因突变引起家族性进行性色素过度沉着症。KITLG突变是一个获得功能性突变，能增加色素细胞黑色素的数量。“这一工作加深了人们对皮肤颜色形成机理的认识，对于色素沉着性疾病的防治、化妆品的研发等都有指导意义。”专家评价。

Removal of Hsf4 leads to cataract development in mice through down-regulation of gamma S-crystallin and Bfsp expression

发表在《BMC Molecular Biology》上，讲述的是敲除Hsf4导致下调γS-crystallin和Bfsp的表达量促进小鼠快速发育；另一篇A novel computational approach to predict transcription factor DNA binding preference发表在《Journal of Proteome Research》上，讲述的是研发了一种新的计算模式预测DNA转录因子结合的模式偏好。

Noisy splicing, more than expression regulation, explains why some exons are subject to nonsese-mediated mRNA decay

高等生物细胞内存在大量含有提前终止密码子的mRNA。含有提前终止密码子的mRNA可以被无义介导的mRNA降解机制降解。问题是细胞为什么要产生大量注定要被无义介导的mRNA降解机制降解的mRNA? 一个模型是基因转录、RNA剪接具有不可避免的高噪音(Splicing noise)，杂散转录产物是常见的。这些杂散转录产物很可能是有害的。为防止高成本的翻译，他们必须被清除。另一个模型是在某些情况下，如环境胁迫，无义介导的mRNA降解是可以被调节的，通过抑制无义介导的mRNA降解，可以上调含有提前终止密码子mRNA的丰度。

孔祥银研究组与英国巴斯大学Hurst教授合作，通过对人和小鼠转录组的系统研究，发现细胞内丰富提前终止密码子主要是由于RNA剪切噪音产生，支持Splicing noise模型。但是，古老外显子上的提前终止密码子，通过与无义介导的mRNA降解配合，调节基因翻译，是一个更合理的解释。