蓬勃发展的高通量测序服务[选购宝典]

自2008年至今，高通量测序一直在高速发展，仪器不断升级，成本也在不断降低。然而，无论测序仪怎么降，也不会降到PCR仪那么低，仍然需要几十万美金；而且这只是仪器的费用，每一次开机还得投入大量的money。其实，如果您只是偶尔为之，大可不必买台仪器，将样本送出去，一样能获得好的结果，还能省下一笔人员培训的费用。

自2008年至今，高通量测序一直在高速发展，仪器不断升级，成本也在不断降低。然而，无论测序仪怎么降，也不会降到PCR仪那么低，仍然需要几十万美金；而且这只是仪器的费用，每一次开机还得投入大量的money。据我们所知，国内有些实验室早就买了第二代测序仪，却迟迟未开机，就是因为太烧钱了。其实，如果您只是偶尔为之，大可不必买台仪器，将样本送出去，一样能获得好的结果，还能省下一笔人员培训的费用。

Illumina公司在全球有许多服务合作商（CSPro），即经过Illumina认证的服务供应商，它们能够确保客户收到行业领先的数据质量和服务。深圳华大基因正是其中之一。此外，国内还有许多服务公司，也提供基于新一代测序平台的测序服务。生物通在此简要介绍一下。

de novo 测序
de novo测序也称为从头测序，它不需要任何现有的序列资料即可对某个物种进行测序，再利用生物信息学分析手段对序列进行拼接，组装，从而获得该物种的基因组图谱。随着新一代测序技术的飞速发展，基因组测序所需的成本和时间较传统技术都大大降低，大规模基因组测序渐入佳境，基因组学研究也迎来新的发展契机和革命性突破。

华大基因在绘制熊猫、家蚕、黄瓜、水稻等大型动植物的基因组图谱时积累了丰富的经验，利用新一代高通量、高效率测序技术以及强大的生物信息分析能力，可以高效、低成本地测定并分析所有生物的基因组序列。

全基因组重测序
全基因组重测序是对已知基因组序列的物种的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平进行差异分析的方法。基于全基因组重测序的分子育种，能够快速的进行种质资源普查筛选，寻找到大量基因差异，实现遗传进化分析及重要性状候选基因的预测。

华大基因将短序列（Short-Reads）、双末端（Paired-End）和不同长度的插入片段（Insert-size）相结合进行测序，可以更为全面的挖掘到基因序列差异和结构变异。

RNA测序
随着新一代高通量DNA测序技术的快速发展，RNA测序已成为基因表达和转录调控机制研究领域的重要手段。RNA 测序不仅适用于研究特定组织或细胞中的编码区域（mRNA）的基因表达情况，而且可用于rRNA、tRNA和miRNA等非编码RNA的研究。

华大基因提供的RNA测序服务内容包括：转录组测序、小RNA测序、数字基因表达谱、降解组测序等。

降解组测序
降解组测序（Degradome Sequencing）近出现的一种实验方法，大家可能还有些陌生。它的原理是，在植物体内绝大多数的miRNA是利用剪切作用调控靶基因的表达，且剪切常发生在miRNA与mRNA互补区域的第十位核苷酸上。靶基因经剪切产生二个片段，5’ 剪切片段和3’ 剪切片段。其中3’ 剪切片段，包含有自由的5’ 单磷酸和3’ polyA尾巴，可被RNA连接酶，连接产物可用于下游高通量测序；而含有5’ 帽子结构的完整基因，含有帽子结构的5’ 剪切片段或是其他缺少5’ 单磷酸基团的RNA是无法被RNA酶连接，因而无法进入下游的测序实验；对测序数据进行深入地比对分析，可以直观地发现在mRNA序列的某个位点会出现一个波峰，而该处正是候选的miRNA剪切位点（下图）。

利用降解组测序，科研人员摆脱了生物信息学预测的限制，真正从实验中找到了miRNA的作用靶基因。联川生物现已推出降解组测序服务，协助您高效快速地筛选出miRNA的作用靶基因。

ChIP-Seq
染色质免疫共沉淀技术（ChIP）是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，利用该技术不仅可以检测体内反式因子与DNA的动态作用，还可以研究组蛋白的各种共价修饰以及转录因子与基因表达的关系。

康成生物结合高通量的新一代测序技术（Illumina Genome Analyzer IIx），对ChIP富集得到的DNA片断进行大规模测序。研究人员可获得数百万条序列标签，并能把所关注蛋白的DNA结合位点精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内组蛋白各种修饰状态、转录因子结合位点的高分辨率分布图。

测序数据的分析
对于已经购买了高通量测序仪的实验室来说，也许困难并不在测序本身，而是后续的数据分析。随着测序通量的不断提高，研究人员在测序的过程中积累了大量的数据。如何在短时间里处理这扑面而来的海量数据，从中提取出有用的信息，这成为一个极大的挑战。为应对这一挑战，Life Technologies公司上月在北京成立了大中华区新一代测序数据解决方案中心。

该中心将指导客户进行SOLiD首次运行数据分析，并系统化地为客户提供数据分析培训，为硬件设备与人员配备提供咨询和建议。从2011年起，数据分析中心还将进一步强化数据分析培训服务，并在合作项目中为客户提供更强大的支持。

有了这些公司提供的服务，高通量测序也许不再遥不可及。至于这些服务的价格和质量，请关注生物通的后续报道。（生物通 薄荷）