miRNA定量：芯片还是测序？

丹麦Exiqon公司的Hanni Willenbrock联合哥本哈根大学的研究人员第一次直接比较了芯片和新一代测序所产生的数据，文章发表在《RNA》杂志上。作者认为，尽管测序有着诸多优势，比如有潜力发现新的序列变异，并获得高度重复的表达数据，但在RNA绝对定量方面，芯片仍然超越了新一代测序。

　　

在过去的几十年，芯片一直是基因表达分析的首选。但是，最近测序技术的迅猛发展，以及序列数据提供定量测定的理念，已经严重威胁了芯片的地位。有些人认为在绝对的表达定量方面，芯片技术不如测序那么可靠。

尽管过去的比较研究表明芯片和测序数据的基因表达结果相关，但比较只是基于生物学数据。不久前，丹麦Exiqon公司的Hanni Willenbrock联合哥本哈根大学的研究人员第一次直接比较了芯片和新一代测序所产生的数据，文章发表在《RNA》杂志上。

研究人员将Exiqon的锁核酸（LNA）芯片与利用Illumina的新一代测序平台Genome Analyzer II所获得的序列数据进行了比较。他们想了解相对和绝对的RNA丰度，以及每种方法的灵敏度和重复性。

研究人员在两个平台上分析了744个合成RNA序列，相当于708个人成熟microRNA和36个有可能交叉杂交的miRNA序列。这种实验设计让他们能直接比较在已知RNA浓度和序列的情况下，每种方法的定量能力。

他们发现，与序列数据相比，芯片数据值与已知RNA浓度的关联更佳，意味着芯片数据能更准确地描绘RNA的绝对丰度。作者推测，这可能是由于芯片探针的不断优化，减少了杂交效率的变异。对于这两个平台，在绝对表达测定上只检测到中度的关联，但是一个样品与另一个样品的定量比却很好地关联。

尽管两种平台都产生了高度重复的数据，但芯片更加灵敏，特别是在较低浓度。而对于新一代测序，序列读数变异有可能导致了灵敏度降低。尽管原始样品中只存在744个合成的RNA，但测序过程中产生了超过13万个独特序列。这些序列中的大部分与RNA参考序列匹配，但是被截短或延长了，还有一些序列不同于任何合成的RNA，可能是在样品制备的PCR扩增步骤中引入的。

作者认为，尽管测序有着诸多优势，比如有潜力发现新的序列变异，并获得高度重复的表达数据，但在RNA绝对定量方面，芯片仍然超越了新一代测序。

值得一提的是，这个研究中的RNA序列和浓度均为已知，若是新miRNA的探索和发现，显然新一代测序要更胜一筹。（生物通 余亮）

原文摘要：

Willenbrock et al. 2009. Quantitative miRNA expression analysis: comparing microarrays with next-generation sequencing. RNA.15: 2028–2034.

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