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美科学家利用454测序鉴定出新病毒[创新技巧]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2010年07月19日 来源:生物通

摘要:

  为了探明鲑鱼HSMI疾病的病因,美国哥伦比亚大学及挪威国家兽医研究所等机构的研究人员组成了一个专门的研究小组,利用罗氏454测序系统的高通量测序技术,发现该疾病是由一种未知的病毒引起。这个新鉴定出的病毒与已知的呼肠孤病毒相关,但不相同。

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最近,一种神秘的疾病让挪威和英国的鲑鱼养殖业元气大伤。心脏和骨骼肌炎症(HSMI)是一种常常致命的疾病,1999年首次在挪威的一家养殖场中发现。近日有报道称挪威和英国的417家养殖场又发现该病。该疾病破坏心脏和肌肉组织,致死率高达20%。尽管研究表明这是一种传染病,但研究人员未能鉴定出病原体。

如今养殖的鲑鱼已成为越来越重要的食物来源,鲑鱼一年的产量可以达到1.1亿吨,而且这个数字还在以每年8%的速度增长。HSMI病害的流行已经对这个蓬勃的产业造成了威胁,尤其是养殖量大的大西洋鲑。更令人不安的是,病毒可能传染到附近的养殖场和近海的野生鲑鱼身上。

为了探明病因,美国哥伦比亚大学及挪威国家兽医研究所等机构的研究人员组成了一个专门的研究小组,利用罗氏454测序系统的高通量测序技术,发现该疾病是由一种未知的病毒引起。这个新鉴定出的病毒与已知的呼肠孤病毒相关,但不相同。

文章的第一作者,哥伦比亚大学流行病学助理教授Gustavo Palacios表示:“我们的数据提供了足够的证据,说明HSMI与一种新的呼肠孤病毒存在关联。”

在研究过程中,哥伦比亚大学的研究人员使用了罗氏旗下454生命科学的GS FLX系统及软件工具,其中包括一个名为Frequency Analysis of Sequence Data (FASD)的新工具。随后挪威和美国的研究人员在29条患病鲑鱼和10条健康鲑鱼的心脏和肾脏样品中寻找病毒序列。96.5%(28/29)的已知HSMI样本呈阳性,而10条健康鲑鱼中无一呈阳性。研究人员还检测了挪威9条内河中的66个鲑鱼样本,在其中16(24.2%)个样本中检测到病毒,但是浓度比生病的养殖鲑鱼要低。

挪威兽医学院的Espen Rimstad教授认为:“凭借我们哥伦比亚同事在高通量测序和生物信息学方面的经验,我们在几周内获得了这种未知病毒的全基因组序列。”

尽管确认新型呼肠孤病毒就是HSMI的致病原因还需要细胞培养的分离及科赫法则(Koch's postulates)的履行,但在此之前,挪威科学家们已经准备开始研制疫苗,来保护养殖的大西洋鲑。(生物通 薄荷)

原文检索:

Palacios G, Lovoll M, Tengs T, Hornig M, Hutchison S, et al. (2010) Heart and Skeletal Muscle Inflammation of Farmed Salmon Is Associated with Infection with a Novel Reovirus. PLoS ONE 5(7): e11487. doi:10.1371/journal.pone.0011487

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