Nature Methods：RNA测序技术

　　

生物通报道：来自美国特拉华大学的科学家们在小分子RNAs研究方面做出了重大贡献：他们发现拟南芥中的RNAs实际数目比以前所知的多10倍以上。这一研究结果发表在Science上。

小分子RNAs是近十年来生命科学界最重要的发现之一，这些核糖核酸虽然小，但是却在动植物基因调控中扮演着重要的角色。植物体内如果缺乏小分子RNAs就会对植物生长有复杂长久的影响，而且小分子RNAs也参与了其它一些重要的生理过程，比如抗逆性。

为了能够了解生物机体中小分子RNAs的整体作用与个体生物角色，确定体内RNAs的序列是十分之必要的。虽然之前也有不同动植物的几千个小分子RNAs被测序确定，但是这些传统方法不能够在基因组的水平上进行完整的测序，得到的结果缺乏丰度和整体规则感。

特拉华的研究人员利用一种称之为“大规模平行信号测序系统”（Massively Parallel Signature Sequencing，MPSS）转录组分析技术的方法来进行拟南芥的测序。这一由英国剑桥大学独立出来的Solexa公司开发的技术（现Takara也在其DNA Micro-beads Array技术中运用）是一种利用EST序列数据库分析基因转录信息的分析方法，改善了之前令科学家头痛的耗时耗力的实验过程。

利用这一技术，研究人员完成了拟南芥种子和花朵22,000,000个小分子RNAs的测序，并发现了75,000个未发现的小分子RNA序列。而在这之前，拟南芥中总共也才测序了6,000个小分子RNAs。而且利用MPSS得到的结果数量多，质量也较好，在这项研究中，研究者们发现了许多高调控的小分子RNAs。

除了获得了序列信息，特拉华大学研究人员也发现了一个令他们惊讶的结果：之前推测认为非转录活性区域被证明是庞大数量小分子RNAs的活性区域。这些发现对于未来RNA和转录调控的研究有非常重要的意义，并且也预示着这一领域的研究在将来一定会蓬勃发展。