华大基因，墨尔本大学发Nature文章

　　

生物通报道：来自澳大利亚墨尔本大学，华大基因等处的研究人员完成了一种大型肠蛔虫：Ascaris suum的遗传图谱绘制，从中发现了有助于防治长时间破坏性寄生虫疾病的新靶标，这一研究成果以letter的形式公布在最新（10月26日）Nature杂志上。

文章的通讯作者包括华大基因王俊研究员和汪建研究员，以及墨尔本大学Aaron R. Jex与Robin B. Gasser，其中华大基因王俊研究员和汪建研究员从事基因组研究多年，主要研究方向涉及基因组学、生物信息学、比较基因组学、分子进化、转录调控、多态性等多个领域。而墨尔本大学的Robin B. Gasser教授主要研究领域为寄生虫分子遗传学等方面的研究，这两所研究机构合作获得了这项最新成果。

猪蛔虫（Ascaris suum）是寄生于猪小肠中最大的一种线虫。对于这种寄生虫的深入了解将有助于防治重大寄生虫疾病，比如蛔虫病，后者影响了中国，东南亚，南美，以及非洲部分地区上亿人的健康，每年夺取了上千人的生命，也引发了幼童的慢性疾病。因此被世界卫生组织定性为迫切需要深入研究，和提升防控的关键性，被忽视疾病。

这项研究为治疗这些条件性蛔虫病提出了新思路，Jex说，“完成Ascaris suum（猪蛔虫）基因组的测定朝着防治这种传染病迈出了一大步，我们对于这种寄生虫的遗传特性，以及作用原理了解得更多，就能更好的采取新方法防治这种疾病。”

在这篇文章中，研究人员从基因组序列中，发现了5个新药物靶点，这些靶点也与其它许多寄生虫相关，目前迫切需要新治疗方法，而基因组导向的药物靶标筛选则是识别能特异性杀死这些寄生虫，而不是宿主的好方法。并且研究人员也找到了猪蛔虫是如何逃脱免疫系统追捕的原因，这有助于未来相关疫苗的研发，

这一研究组完成基因组测序的Ascaris suum寄生虫，虽然只是主要感染猪，但是这种寄生虫与另外一种人类寄生虫：Ascaris lumbricoides（人蛔虫）亲源关系十分近——人蛔虫是一种15-30cm长，通过被污染的鸡蛋传播的寄生虫。因此这项研究对于防治此类疾病都具有重要的意义。

华大基因近年来多与全球各实验室合作，完成了多项重要基因组测序工作，比如近期同样是和澳大利亚研究人员合作，他们完成了对一位100岁的澳大利亚土著男子的基因组测序分析，证实了澳洲土著人的祖先种群是在6.2万年至7.5万年前走出非洲迁徙到东亚地区，早于现代亚洲人的祖先约4万年，对全面了解人类的起源和迁徙过程具有十分重要的意义。这一研究成果公布在Science杂志上。

（生物通：万纹）

原文摘要：

Ascaris suum draft genome

Parasitic diseases have a devastating, long-term impact on human health, welfare and food production worldwide. More than two billion people are infected with geohelminths, including the roundworms Ascaris (common roundworm), Necator and Ancylostoma (hookworms), and Trichuris (whipworm), mainly in developing or impoverished nations of Asia, Africa and Latin America1. In humans, the diseases caused by these parasites result in about 135,000 deaths annually, with a global burden comparable with that of malaria or tuberculosis in disability-adjusted life years1. Ascaris alone infects around 1.2 billion people and, in children, causes nutritional deficiency, impaired physical and cognitive development and, in severe cases, death2. Ascaris also causes major production losses in pigs owing to reduced growth, failure to thrive and mortality2. The Ascaris–swine model makes it possible to study the parasite, its relationship with the host, and ascariasis at the molecular level. To enable such molecular studies, we report the 273 megabase draft genome of Ascaris suum and compare it with other nematode genomes. This genome has low repeat content (4.4%) and encodes about 18,500 protein-coding genes. Notably, the A. suum secretome (about 750 molecules) is rich in peptidases linked to the penetration and degradation of host tissues, and an assemblage of molecules likely to modulate or evade host immune responses. This genome provides a comprehensive resource to the scientific community and underpins the development of new and urgently needed interventions (drugs, vaccines and diagnostic tests) against ascariasis and other nematodiases.

作者简介：
王俊
基因组组装、注释、表达、复制、比较基因组学等

研究员，博士生导师，现任中科院北京基因组研究所暨华大基因研究中心北京中心主管、生物信息学实验室主管；丹麦奥胡斯大学人类遗传学研究所及南丹麦大学人类遗传学生化及分子生物学系客座教授；北京大学生命科学学院客座教授。其研究领域涉及到基因组组装、注释、表达、复制、比较基因组学、分子进化、转录调控、多态性等多个领域。 e-mail: [e-mail]生物通 www.ebiotrade.com

汪建 博士导师生物通
重大疾病及常见病诊断技术和临床医学研究
 
男，中国科学院北京基因组研究所研究员，博士生导师。主要研究领域：重大疾病及常见病诊断技术和临床医学研究；突发公共卫生事件应急处理技术。主要学术成就：人类基因组计划的“中国卷”和超级杂交水稻基因组研究；SARS病毒基因组测序及诊断试剂研究；防控高致病性禽流感研究；传染病与食品安全快速检测技术研究；先后共发表科学论文30余篇，并在《SCIENCE》、《NATURE》上发表、指导发表文章数篇。