454测序仪检测早产儿肠道微生物群发现可能病原体[创新技巧]

最近一项在线发表在《PLoS ONE》1的一项研究指出，出生体重低的婴儿肠道微生物群落中可能存在各种各样的细菌、真菌和蛔虫，其中包括可能的病原体。此次研究中，罗氏454 GS FLX Titanium测序系统对于11例极低出生体重婴儿的肠道样本进行测序，不仅获得了细菌的信息，还有真核真菌和蛔虫的片段。

最近一项在线发表在《PLoS ONE》1的一项研究指出，出生体重低的婴儿肠道微生物群落中可能存在各种各样的细菌、真菌和蛔虫，其中包括可能的病原体。

研究者使用16S核糖体DNA测序和真核细胞ITS区域的扩增子测序，对11例出生体重极低的一个月大婴儿的肠道真核和原核生物的组成进行了研究。研究人员还通过全面宏基因组测序对两名婴儿的粪便样本进行检测，获得更全貌的肠道菌群信息。

实验发现婴儿肠道内有多种微生物，虽然其多样性略低，但是仍然包含多种原核及真核生物 ， 包括一些病原体如寄生蛔虫旋毛虫、潜伏性侵入的真菌念珠菌属以及一些引起感染的细菌。

研究发现，这些婴儿的肠道大部分被那些进入血液后会引起危险的微生物占据。即使在婴儿不再使用抗生素，有益菌也没有出现快速增长，这可能是早产婴儿容易受到感染的原因之一。早产儿通常面对较大的健康问题，有时甚至受到致死性感染，这可能是由于肠道微生物引起的。

念珠菌也会出现在部分早产儿肠道内，由于目前大多数的研究主要集中在 肠道菌群的 组成，对肠道微生物之间的相互作用还不是很清楚。虽然早前通过培养方法已确定，念珠菌存在于出生后的前两个星期早产儿的肠道内，但仍然缺乏对于极低出生体重婴儿肠道内包括真菌、病毒、寄生虫的全面分析。

此次研究中，罗氏454 GS FLX Titanium测序系统对于11例极低出生体重婴儿的肠道样本进行测序，不仅获得了细菌的信息，还有真核真菌和蛔虫的片段。这些婴儿出生时体重约为一到两磅，并已使用抗菌素，和针对白色念珠菌感染的制霉菌素抗真菌药物治疗。

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在这些婴儿中，五名婴儿发生了葡萄球菌相关的血液感染，三名婴儿接受过坏死性肠炎、由细菌感染引起的结肠或小肠组织损伤治疗，一名婴儿死于与感染无关的并发症。8名婴儿在两个不同时间点采集了样本，而另外3名仅采样一次。通过粪便样本中16S rRNA基因序列及ITS扩增产物的测序，给出了婴儿的肠道微生物菌群中的原核和真核物种的信息。例如，研究人员在6名婴儿样本中发现Candida quercitrusa 念珠菌序列，在5名婴儿样本中发现旋毛虫属的寄生蛔虫序列。

属于Enterobacteriales，Bacillales，Lactobacillales，Pseudomonadales，Actinomycetales 及Pasteurellales目的细菌在粪便样本最为常见。整体而言，婴儿肠道细菌群落的多样性仍比较低，几乎所有测得的序列都属于一共9种细菌种属。使用454 GS FLX Titanium对于两名婴儿粪便样本进行的宏基因组测序，提供了在极低出生体重婴儿的肠道微生物群落更为详细信息，分析结果不仅确认了肠道细菌和真菌分布与之前实验相同，而且也发现了可引发人类肠道炎症的病毒和细菌。

总之，实验提示早产婴儿可能更容易受到他们的肠道内潜在致病微生物的威胁，但需要更多的研究来确认初步结果，并探讨这些肠道致病菌对早产婴儿健康的影响的机制。

此次研究突显了出生后肠道内真菌多样性的情况，并提供了存在蛔虫、人类和细菌病毒等许多潜在的病原细菌的证据。进一步的研究 将确定这些微生物的来源，以及他们如何影响早产儿的健康，包括侵入性感染，坏死性小肠结肠炎，对 成长、神经发育以及免疫系统的影响。

1．LaTuga MS , Ellis JC , Cotton CM , Goldberg RN , Wynn JL , et al. 2011 Beyond Bacteria: A Study of the Enteric Microbial Consortium in Extremely Low Birth Weight Infants. PLoS ONE 6(12): e27858. doi:10.1371/journal.pone.0027858

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