罗氏NimbleGen 序列捕获技术捕捉MHC区域序列用于疾病研究[创新技巧]

【字体: 时间:2011年12月08日 来源:罗氏

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  罗氏NimbleGen公司和华大基因BGI公司宣布,他们已经开发出了主要组织相容性复合物(MHC)的区域序列捕捉解决方案。这个新方案可以轻松地捕获和富集这些高重复性区域,使人类MHC区域的深度测序进一步提高。这种新的样本制备方法,克服传统PCR和基因组富集的方法的局限性,便于疾病和药物研究用。

罗氏NimbleGen公司和华大基因BGI公司宣布,他们已经开发出了主要组织相容性复合物(MHC)的区域序列捕捉解决方案,该方案采用了NimbleGen SeqCap EZ Choice Library定制型液相序列捕获产品,革新了MHC区域序列富集方法。这个新方案可以轻松地捕获和富集这些高重复性区域,使人类MHC区域的深度测序进一步提高。这种新的样本制备方法,克服传统PCR和基因组富集的方法的局限性,便于疾病和药物研究用。

主要组织相容性复合物,位于6号染色体短臂上,是一个大型基因簇,在3.6MB的区域内包括了150个表达基因。 MHC对于数以百计的疾病发生发展过程起了关键作用,包括癌症,艾滋病,糖尿病,动脉硬化和白血病等。鉴于其在调节免疫系统的重要作用,MHC已成为药物研究和开发的主要目标。

MHC具有高度多态性,使得这一区域的研究相当困难,这一区域的基因密度(每百万个碱基含有37个基因)比整个基因组(每百万个碱基含有7个基因)的平均基因密度高出五倍。由于其多态性,连锁不平衡,单体型遗传的特质,MHC成为了研究及应用的目标,包括人口演变,亲子鉴定,HLA配型和器官移植配型。

这个新MHC区域捕捉方案不仅针对传统的MHC区域(3.37MB),而且包括约1.6MB的 MHC周边区域,提供一个总计4.97Mb(chr6:28477797-33448354),包括8个已知的单体型。

这项新技术旨在对于97%以上的MHC区域进行定向测序,目标覆盖接近100%的基因编码区序列。 采用这一技术的实验结果,与传统的基因分型技术的一致性达99.42%。而且,这项技术不仅能够确定已知的单核苷酸多态性(SNP)的单倍体型,更有可能发现新SNP。

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