军事医学科学院等发53影响因子论文

【字体: 时间:2011年07月29日 来源:生物通

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  来自军事医学科学院微生物流行病研究所,深圳华大基因研究院,英国伯明翰大学,以及中科院微生物研究所等处的研究人员在线发表了题为“Open-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin-Producing E. coli O104:H4”的文章,展示了快速的基因组测序技术和及时的数据共享给全球各科研领域所带来的巨大贡献,为应对全球重大突发性紧急公共卫生事件提供了一个全新的解决思路。

  

——德国肠出血性大肠杆菌疫情给全球科研的新启示

生物通报道:来自军事医学科学院微生物流行病研究所,深圳华大基因研究院,英国伯明翰大学,以及中科院微生物研究所等处的研究人员在线发表了题为“Open-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin-Producing E. coli O104:H4”的文章,展示了快速的基因组测序技术和及时的数据共享给全球各科研领域所带来的巨大贡献,为应对全球重大突发性紧急公共卫生事件提供了一个全新的解决思路。这一研究成果公布在医学顶级刊物《The New England Journal of Medicine》上(影响因子为53.484)。

文章的通讯作者分别是军事医学科学院,深圳华大基因研究院杨瑞馥教授,以及伯明翰大学Mark J. Pallen博士。其中杨瑞馥教授早年毕业于河北医科大学,主要从事微生物检验鉴定新技术(如基因芯片、蛋白质芯片、生物传感器、上转荧光技术等)和诊断新分子(如肽核酸和适配子)的研究、微生物法医学技术(如核酸指纹图、蛋白指纹图、脂肪酸指纹图等)的研究以及细菌基因组与蛋白质组的研究。参与此次研究的还有华大基因王俊,微生物研究所高福教授等。

据报道,德国负责传染病监督及预防的罗伯特-考赫学院7月26日宣布,肠出血性大肠杆菌疫情在德国的爆发已经结束。这场疫情最终导致德国范围内50人死亡,仅汉堡医院就有3496名病人被诊断为感染肠出血性大肠杆菌,在德国以外的欧洲地区也发现了76名患者。另据悉,华大基因(BGI)和BioMed Central(简称 BMC ,生物医学中心)共同主办的《GigaScience》杂志已开始征集投稿并计划于今年11月份正式上线。

在此次事件中,华大基因和德国汉堡—埃普多夫大学医学中心的研究人员以最快的速度完成对致病菌的基因组测序及分析并向全球免费公开所有数据,并声明在公共领域许可证范围内,所公开的数据没有使用限制。该数据库的公开使得整个科学界在第一时间共享了相关数据信息 (http://www.sciencemag.org/content/332/6035/1249.full),省去了从数据产生到文章发表的时间,为了尽快控制疫情奠定了重要的科学基础。

杨瑞馥教授认为,这一研究成果不仅对德国致病性大肠杆菌的进化起源和致病性等方面的研究打下了坚实的基础,更为重要的是为全球其他传染性疾病的应对机制提供了一个新的国际协作模式。

华大基因研究院副院长王俊教授表示:“基因组测序为鉴定和了解新型病原奠定了重要的基础,信息数据的免费、快速发布及共享能够极大地加速疾病诊断和治疗的过程,对大规模突发性公共卫生事件的快速应对具有十分重要的意义。”

目前肠出血性大肠杆菌(EHEC)的基因组草图也已经公布,来自德国明斯特大学和美国生命技术公司的研究人员通过将引发此次疫情的O104:H4型肠出血性大肠杆菌与2001年采集自一名溶血性尿毒症(HUS)体内的O104:H4型肠出血性大肠杆菌进行基因对比后,发现,两种菌株并非同源,引起此次德国EHEC暴发的O104:H4菌株来自一种肠聚集性大肠杆菌EAEC  O104:H4  55989菌株的变异,其中还掺杂了一种目前未知的由志贺毒素产生的O104:H4菌株。

这项研究也说明了个人化操作基因组测序仪(PGM)和新一代测序技术(NGS)(欢迎索取相关技术资料>> >>)的重要性。研究人员认为虽然此前已有不少研究采用了新一代测序技术,但将其用于突发疫情的实时研究还尚属首次。

原文摘要:

Holger Rohde, Junjie Qin, Yujun Cui, Dongfang Li, Nicholas J. Loman, Moritz Hentschke, Wentong Chen, Fei Pu, Yangqing Peng, Junhua Li, Feng Xi, Shenghui Li, Yin Li, Zhaoxi Zhang, Xianwei Yang, Meiru Zhao, Peng Wang, Yuanlin Guan, Zhong Cen, Xiangna Zhao, Martin Christner, Robin Kobbe, Sebastian Loos, Jun Oh, Liang Yang, Antoine Danchin, George F. Gao, Yajun Song, Yingrui Li, Huanming Yang, Jian Wang, Jianguo Xu, Mark J. Pallen*, Jun Wang*, Martin Aepfelbacher*, Ruifu Yang*, 2011, Open-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin-Producing E. coli O104:H4. The New England Journal of Medicine (in press) <IF=53.484> <Date=2011-07-22>

An outbreak caused by Shiga-toxin–producing Escherichia coli O104:H4 occurred in Germany in May and June of 2011, with more than 3000 persons infected. Here, we report a cluster of cases associated with a single family and describe an open-source genomic analysis of an isolate from one member of the family. This analysis involved the use of rapid, bench-top DNA sequencing technology, open-source data release, and prompt crowd-sourced analyses. In less than a week, these studies revealed that the outbreak strain belonged to an enteroaggregative E. coli lineage that had acquired genes for Shiga toxin 2 and for antibiotic resistance.

作者简介:

杨瑞馥

军事医学科学院

个人简介
河北廊坊人。1985年毕业于河北医科大学医疗系,1988年获军事医学科学院医学硕士学位,2002年获军事医学科学院理学博士学位.现任军事医学科学院微生物流行病研究所全军微生物检测研究中心副主任,国家生物医学分析中心分析微生物实验室主任,国家卫生部鼠疫布病专家咨询委员会委员,中国微生物学会分析微生物专业委员会副主任委员,北京微生物学会理事,中国生态学会微生物生态专业委员会副主任委员等职,并担任<解放军医学杂志>、<解放军预防医学杂志>、<生物技术通讯>、<军事医学院院刊>、等学术期刊的编委。

专长的技术领域
从事微生物检验鉴定新技术(如基因芯片、蛋白质芯片、生物传感器、上转荧光技术等)和诊断新分子(如肽核酸和适配子)的研究、微生物法医学技术(如核酸指纹图、蛋白指纹图、脂肪酸指纹图等)的研究以及细菌基因组与蛋白质组的研究。

曾经参加现场应急分析和事故技术分析的经历
多次参与生物反恐怖行动以及军事演习。获得国家和军队科学研究基金10余项,包括国家自然科学基金、"863"、"973"、军队"十五"课题等.共获军队和地方科技进步奖10余项,在国内外发表论文100余篇,主编专著3部,副主编和参编专著10余部。研究成果被国内外期刊引用100余次。培养博士和硕士研究生30余名.2002年获得总后"科技银星"称号。

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