测序数据分析之工具大全

测序确实是越来越快，也越来越便宜了。随着个人型测序仪的不断上市，许多实验室也跃跃欲试，准备开展这方面的研究。然而，前辈告诉我们，测序并不难，真正困难的工作是数据分析。

目前有不少用于基因组装配和比对的程序和算法，但是该选哪一个呢？许多序列分析的专家认为，这取决于基因组的大小、读取有多长，以及采用的是哪种测序技术。通常，软件还需要优化，以满足每个实验室的独特需求。

在《测序数据分析之专家指南》系列文章中，多位专家推荐了他们心水的软件工具。在此，我们整理了这些数据分析工具的信息，供大家参考。

Abyss 1.3.0: http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.0

Arachne & AllPath: https://www.broadinstitute.org/scientific-community/science/programs/genome-sequencing-and-analysis/computational-rd/computational-

BLAT: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

Bowtie: http://bowtie-bio.sourceforge.net/index.shtml

CABOG: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/wgs-assembler/index.php?title=Main_Page

CLUSTALW: http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2

LAGAN & Shuffle-LAGAN: http://lagan.stanford.edu/lagan_web/index.shtml

MUGSY:
http://mugsy.sourceforge.net

MUMmer: http://mummer.sourceforge.net

SOAPdenovo:
http://soap.genomics.org.cn/soapdenovo.html

TotalReCaller: http://bioinformatics.nyu.edu/wordpress/projects/totalrecaller

Velvet: http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet

VISTA tools，包括AVID: http://pipeline.lbl.gov/run5details.shtml

ABI数据分析软件：http://www.appliedbiosystems.com/absite/us/en/home/applications-technologies/solid-next-generation-sequencing/ngs-data-analysis-software.html

Illumina的软件：http://www.illumina.com/software.ilmn

ION PGM测序仪的社区：http://www.iontorrent.com/forum/

另外附上一些精选的数据分析工具：

名称	链接	评论
基因组重测序
Bwa	http://bio-bwa.sourceforge.net	比对工具
Dindel	http://sites.google.com/site/keesalbers/soft/dindel	小的插入/缺失发现
Erds	http://www.duke.edu/~mz34/erds.htm	拷贝数变异发现
Pindel	http://www.ebi.ac.uk/~kye/pindel/	小的插入/缺失发现
Samtools	http://samtools.sourceforge.net	操控比对后数据的工具
Sequence Variant Analyzer	http://www.svaproject.org	在基因组背景下显示变异
Chip-Seq
Findpeaks	http://vancouvershortr.sourceforge.net
RNA-Seq
Cufflinks	http://cufflinks.cbcb.umd.edu	测定转录本丰度
Tophat	http://tophat.cbcb.umd.edu	剪接点定位
De Novo 拼接
Oases	http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/oases/	根据转录组数据拼接
基因组浏览器
Integrated Genome Browser	http://www.bioviz.org/igb/
Integrative Genomics Viewer	http://www.broadinstitute.org/software/igv/