HiSeq 2500:强大的测序仪如今更快更灵活[新品推荐]

创新候选:快速又灵活的HiSeq 2500

【字体: 时间:2012年12月11日 来源:生物通

编辑推荐:

  HiSeq 2000系统绝对是当前最广泛采用的新一代测序主流平台。HiSeq 1500/2500系统是这个平台中的最新成员。相同的核心结构,整合最新进展如内置簇生成和快速运行模式,可实现最快的无人值守流程:能够在大约24小时内完成整个基因组的测序,即“一天一个基因组”。

今年初,Illumina公司宣布推出HiSeq 2500测序系统,能够让研究人员和临床医生能够在大约24小时内完成整个基因组的测序,即“一天一个基因组”。这款仪器的出现,让科学界兴奋不已。经过大半年的等待,HiSeq 2500终于面世。同时上市的还有HiSeq 1500系统。

HiSeq 1500/2500系统是世界上最广泛采用的新一代测序平台中的最新成员。HiSeq 1500/2500系统具有与革命性的HiSeq 2000系统相同的核心结构,并整合最新进展,如内置簇生成和快速运行模式,实现了最快的无人值守流程。

前所未有的灵活性

HiSeq 2500系统是Illumina第一台特有两种运行模式的测序系统,包括快速运行和高产量运行模式,可使用一个或两个流动槽,使之成为一个灵活且可扩展的平台。快速运行模式提供快速的结果、数量有限样品的高效处理,以及更长的末端配对150 bp读取,这带来了更深度的覆盖,并改善de novo应用的组装。高产量模式特别适合样品量较多的大型研究,或需要最深度覆盖的应用。高产量模式可处理的样品量是快速模式的~5倍,让大型项目可通过尽可能少的运行来完成。

HiSeq 2500的多个配置让产量可调,既能在7小时内获得~10 Gb或~3亿个单端读取,又能在11天内获得600 Gb或60亿个末端配对读取,这取决于应用需求或项目期限。高效的样品批处理从未如此简单,而周转时间也从未如此之快。HiSeq 1500也具有这两种运行模式,支持单个流动槽,而不是两个。HiSeq 1500/2500系统让您的实验室拥有前所未有的灵活性,以便支持最广泛的应用和研究规模。

惊人的速度和通量

快速运行模式是HiSeq系统设计上的一个革命性附加,它通过缩短的循环时间和内置的簇生成来显著加快运行。在快速运行模式下,您能够完成全自动的簇生成和测序,在一个工作日内实现短读取应用,或在一天多的时间内通过末端配对100 bp读取实现全基因组测序应用。数据通量超过100 Gb,因此一天内人类基因组的测序覆盖度超过30倍(图1)。在需要快速且准确的答案时,快速运行时间再加上卓越的数据质量很关键。快速运行模式的加速运行以及平行处理约6亿个测序模板的能力带来了现有测序系统中最高的每日通量。

图1:前所未有的灵活性支持多个应用

有了两种运行模式以及使用一个或两个流动槽的能力,HiSeq 2500支持广泛的应用和研究规模。本图中的数据是例子,基于使用两个流动槽的系统性能。因簇密度、样品质量,及其他实验因素不同,可能会出现差异。运行时间是近似的,快速运行模式包括簇生成和测序,而高产量模式只包括测序。添加索引的运行时间未包括在内。

出色的数据质量

高的数据质量是通过行业中最广泛采用的边合成边测序(SBS)技术的应用来确保的。HiSeq 1500/2500系统的SBS技术利用专利的可逆终止子方法对数百万个片段进行测序,在单个碱基掺入增长的DNA链时检测它们。由于每个测序循环中四种与可逆终止子结合的dNTP都存在,故自然竞争让掺入偏向最小化,与其他技术相比大大降低了原始错误率。最终结果是高度准确的base-by-base测序,几乎避免了序列背景特异的错误,即使是在那些重复序列区和同聚物中。Illumina测序带来了行业中任何覆盖水平的最准确人类基因组、最高产量的无错误读取以及最高比例的>Q30碱基检出(图2)。

图2:快速运行模式下的读取 vs. Q值

快速运行模式下HiSeq 2500系统上人类基因组2 x 101 bp运行的质量值。这个例子表明,92%的碱基高于Q30。

卓越的数据质量和存储方案

Illumina生物信息学的新发展包括数据压缩改善、测序比对算法更快,以及一套即插即用的数据计算和存储方案。

HiSeq 1500/2500软件将数据体积缩小50%以上,而不会损害数据质量。这允许产量加倍,而无需将数据存储能力扩大两倍。HiSeq 1500/2500软件还能够与BaseSpace® 实时连接,这是一种云计算环境,可实现实时的碱基检出、比对后的数据分析以及可扩展的数据存储。将数据上传至BaseSpace可实时进行,通常在运行完成几分钟后结束。BaseSpace中的数据上传、数据比对或变异检出不会产生任何额外的费用。研究人员可通过BaseSpace云端开展合作,与世界上的任何人即时安全地共享数据。

BaseSpace还提供Illumina序列分析和比较软件(iSAAC™)- 目前最快的比对软件。iSAAC软件的速度有了4-6倍的提高,可在几小时内将一个30x的基因组与参考基因组比对。比对可在BaseSpace中免费开展,或利用经济的商业化计算硬件开展。iSAAC软件对生物学家而言简单易用,而对生物信息学家而言又足够灵活,可访问并修改开放源代码。BaseSpace应用商店将提供更多的工具和软件,带来商业化、免费软件和用户开发应用的组合。

研究人员也可使用IlluminaCompute™,这是一套即插即用的测序数据计算和存储方案。IlluminaCompute特有来自我们的合作伙伴Dell和EMC Isilon的行业领先技术,来自Illumina客户解决方案的安装和维护,以及一套预置的软件,用于数据处理、比对和变异检测。有了IlluminaCompute,实验室可在几周而不是几个月内全面投入运作,甚至无需预先购买IT设备。

HiSeq系统的性能参数

高产量运行模式*

快速运行模式*

读长

双流动槽(仅适用于HiSeq 2500

单流动槽(HiSeq 15002500

双流动槽运行时间

双流动槽(仅适用于HiSeq 2500

单流动槽(HiSeq 15002500

双流动槽运行时间

1 x 36

95-105 Gb

47-52 Gb

2

18-22 Gb

9-11 Gb

7小时

2 x 50

270-300 Gb

135-150 Gb

5.5

50-60 Gb

25-30 Gb

16小时

2 x 100

540-600 Gb

270-300 Gb

11

100-120 Gb

50-60 Gb

27小时

2 x 150

N/A

N/A

N/A

150-180 Gb

75-90 Gb

40小时

通过过滤的读取

最多30亿个单端读取或60亿个末端配对读取

最多15亿个单端读取或30亿个末端配对读取

最多6亿个单端读取或12亿个末端配对读取

最多3亿个单端读取或6亿个末端配对读取

质量

2 x 50时,³85%的碱基高于Q30

2 x 100时,³80%的碱基高于Q30

2 x 50时,³85%的碱基高于Q30

2 x 100时,³80%的碱基高于Q30

2 x 150时,³75%的碱基高于Q30



 

订阅生物通快讯

订阅快讯:

最新文章

限时促销

会展信息

关注订阅号/掌握最新资讯

今日动态 | 生物通商城 | 人才市场 | 核心刊物 | 特价专栏 | 仪器云展台 | 免费试用 | 今日视角 | 新技术专栏 | 技术讲座 | 技术期刊 | 会展中心 | 中国科学人 | 正牌代理商

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号