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如何快速发现肿瘤中的热点突变[新品推荐]
【字体: 大 中 小 】 时间:2012年12月07日 来源:生物通
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如今,Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2如今经过扩展,靶定50个癌基因和肿瘤抑制基因的“热点”区域,广泛覆盖KRAS、BRAF和EGFR基因,让转化和临床研究人员能够快速追踪肿瘤学研究。
去年10月,Ion Torrent推出了Ion AmpliSeq™ Cancer Panel,它覆盖了46个癌基因的相关区域。如今,Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2如今经过扩展,靶定50个癌基因和肿瘤抑制基因的“热点”区域,广泛覆盖KRAS、BRAF和EGFR基因,让转化和临床研究人员能够快速追踪肿瘤学研究。
此产品的引物设计经过改善,在单管中包含207对引物,仅需要10 ng DNA,让研究人员能够对FFPE组织等颇具挑战性的样品进行测序。方便的预设计产品使研究人员能够专注于数据产生和分析,而不是费时费力的引物设计和目标选择步骤。基于杂交的目标选择方法需要7至72小时才能完成目标选择和文库制备,而Ion AmpliSeq™ 技术利用简单的PCR反应,仅需3.5小时即可完成整个过程。此外,Ion AmpliSeq™ 文库构建步骤可利用标准的96孔板步骤自动化,这进一步简化了流程,让大项目能够迅速完成,而不需要额外的样品转移步骤。
FFPE测序的理想选择 – 仅需要10 ng DNA
Ion AmpliSeq™技术的突破性在于,整个Ion AmpliSeq™ Cancer Panel仅需10ng DNA,这样即使是样品量少且质量不稳定的FFPE样品,也能得到准确地代表样品。此外,此产品的引物经过设计,产生平均长度为154 bp的扩增子,因此即使是降解的样品也能生成可靠数据。利用标准的PCR设备即可完成目标选择,而无需额外投入。
最快产生目标文库 – 3.5小时
从DNA到已注释变异的单日流程让您可开展时间敏感的分析。其他任一种目标选择方法都不能利用简单的PCR反应在3.5小时内产生目标文库。随后可将文库转移到Ion OneTouch™系统,进行模板制备,并在Ion PGM™测序仪上进行测序。PGM™ Torrent 服务器上的Torrent Suite软件可开展自动化分析。使用Ion Reporter™软件的最后一步是可选的,可开展包括变异注释在内的自动化生物信息学分析。此软件适用于常规的DNA分析(图1)。
图1. Ion AmpliSeq™ Panel的流程,利用Ion 314™芯片和90分钟、1 x 100 bp测序运行。
利用TaqMan® Assay来确认变异
TaqMan® Mutation Detection Assay能检测45个癌症相关基因的体细胞突变。分析以castPCR™ 技术为核心,能在野生型DNA的背景下检测低至0.1%的突变,这一点已通过加标实验证明。或者,选择Custom TaqMan® SNP Genotyping Assay,利用数字PCR对检测到的突变进行确认。Torrent Suite软件整合了TaqMan® Assay的搜索门户,让检测到的变异可直接提交,便于TaqMan® Assay的进一步研究。
访问lifetechnologies.com/ordertaqman,了解如何确认变异
Ion AmpliSeq™ Cancer Hotspot Panel v2 | ||
目标 |
热点区域,包括50个癌基因和肿瘤抑制基因的~2,800个COSMIC突变,广泛覆盖KRAS、BRAF和EGFR基因 | |
扩增子长度 |
111-187 bp,平均154 bp | |
引物池大小 |
1管内207对引物 | |
起始DNA |
每个DNA样品仅需10 ng | |
获得结果的时间 |
10小时(DNA到已注释的变异) | |
样品多重分析 (观察到的性能) |
Ion 314™芯片:2个样品,~1,400x平均覆盖度 Ion 316™芯片:8个样品,~1,400x平均覆盖度 Ion 318™芯片:16个样品,~1,400x平均覆盖度 | |
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规格 |
观察到的性能(Ion 314™芯片) |
覆盖均一性* |
≥95% |
≥98% |
命中目标的读取† |
≥90% |
≥96% |
平均覆盖深度 |
NA |
>2,000x |
SNP检测灵敏度 |
NA |
对于平均测序覆盖度为1,000x至4,000x的位点,5%变异频率的检测率为98% |