454测序应用于HBV耐药性突变检测[创新技巧]

【字体: 时间:2012年12月06日 来源:罗氏

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  目前,韩国的研究者们利用454测序平台对30个乙肝患者进行了深度测序,通过对每个患者的HBV样本进行平均1700倍的深度测序后,这种技术检测到了一些直接测序未检测到的突变位点,突变率从1.1%到23.8%不等。

HBV(Hepatitis B Virus)乙型肝炎是一种基因组长约3.2kb,部分双链环状DNA病毒。我国的乙肝病毒感染率约60%-70%,乙肝表面抗原携带率约占总人口的7%,以此计算,全国约有9300万人携带乙肝病毒,其中乙肝患者大约有3000万。由于HBV很容易变异,即基因突变,这个特性给诊断和治疗带来许多麻烦。一旦HBV突变产生了耐药性位点,就需要根据已产生的耐药情况进行换药,因此HBV的耐药性检测也变得十分重要。目前,传统直接测序已成为HBV耐药性检测的主要手段。然而这样的方法无法进行连锁突变分析。

目前,韩国的研究者们利用454测序平台对30个乙肝患者进行了深度测序1,通过对每个患者的HBV样本进行平均1700倍的深度测序后,这种技术检测到了一些直接测序未检测到的突变位点,突变率从1.1%到23.8%不等,此外还在基因组上发现一些与耐药位点连锁出现的其它突变位点。
  
研究者们认为,利用454测序技术来进行HBV耐药检测不仅具有很好的的敏感性与准确性,还可以对突变位点进行连锁关系分析,这种方法对HBV抗病毒治疗可以起到解释和预测的作用。

1. Ko, S.-Y., Oh, H.-B., Park, C.-W., Lee, H. C. and Lee, J.-E. (2012), Analysis of hepatitis B virus drug-resistant mutant haplotypes by ultra-deep pyrosequencing. Clinical Microbiology and Infection, 18: E404–E411. doi: 10.1111/j.1469-0691.2012.03951.x

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