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NimbelGen免费软件DEVA1.1提供全线产品分析[新品推荐]

【字体: 时间:2012年03月23日 来源:罗氏

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  罗氏NimbelGen提供各种DNA芯片产品包括序列捕获芯片、比较基因组、甲基化芯片、表达调控芯片及表达谱芯片,以及实验所需仪器、试剂以及配套软件。DEVA软件是目前NimbleGen芯片数据分析配套软件,可以用于所有NimbleGen芯片的分析。

罗氏NimbelGen提供各种DNA芯片产品包括序列捕获芯片、比较基因组、甲基化芯片、表达调控芯片及表达谱芯片,以及实验所需仪器、试剂以及配套软件。DEVA软件是目前NimbleGen芯片数据分析配套软件,可以用于所有NimbleGen芯片的分析。

此次推出的新版DEVA1.1是在原来的DEVA 1.02版本上的升级,包含原来版本所有功能的同时,增加了可用于分析NimbleGen最新推出的ISCA Plus细胞遗传学芯片的模块,进行样本的拷贝数改变(CNV)以及杂合性缺失(LOH)的分析。NimbleGen ISCA Plus细胞遗传学芯片配套有多个设计文件(如ISCA 44K,ISCA 60K,ISCA 105K,ISCA 180K,ISCA 180K plus exon focused content以及ISCA Plus- full design with ISCA, Decipher, OMIM and exon focused content),用不同设计文件可以在DEVA中以不同的分辨率来对实验结果进行分析,以此产生的分析报告可以方便地与其他CNV/LOH检测报告的进行比较。在LOH数据分析过程中,用户可以自行调整一些参数(如Smallest region length以及smallest region significance),来获取所关注的信息。推荐搭配2GHz的处理器以及8Gb内存以上的电脑,来处理2.1M及4.2M高密度芯片的数据,或者2μm的扫描图像。

此外,DEVA1.1在CGH数据处理中,增加了Waviness Correction以及Background Correction步骤。其中waviness correction利用GC含量的统计数据可更好的发现CNV,background correction则可以提高CGH的shift value。新版本可以分析6x630K格式的芯片,并在使用界面、项目文件管理等方面进行了改进。

关于更多DEVA1.1的信息可以浏览www.nimblegen.com/deva网页,同时可以免费下载该软件、及其使用手册和教程。NimbleGen将不断完善DEVA软件,以期为NimbleGen芯片用户提供更加优质的芯片实验体验以及实验结果。

欢迎索取DEVA软件的更多资料!

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