染色质分析工具及其应用(一)[新品推荐]

【字体: 时间:2012年03月07日 来源:生物通

编辑推荐:

  目前定量确定染色质结构状态的方法较为复杂,且耗时长。它需要从细胞中分离出细胞核,并进行染色质消化,通常需要两天以上才能完成。有了EpiQ试剂盒,无需分离细胞核,6小时即可获得染色质结构的数据。此外,该试剂盒只需要较少量的细胞(低至50,000个)就能开展分析。

在阅读这篇文章之前,大家有必要回忆一下常染色质(Euchromatin)和异染色质(Heterochromatin)。它们之间有什么区别呢?知道的同学可以跳过这一段,忘记了的同学呢,请看下图。

常染色质是转录活跃的部位,呈疏松的环状,电镜下表现为浅染,易被核酸酶在一些敏感的位点降解。与常染色质相比,异染色质是转录不活跃的部分,染色深,核酸酶无法接近,也就不能降解DNA。因此,利用核酸酶消化和qPCR,通过Cq改变就能评估染色质状态。

表观遗传学过程,如DNA甲基化和组蛋白修饰,通过改变染色质结构来控制基因表达。转录活跃的基因与“开放”或“可接近”的染色质区域相关,而转录沉默的基因通常与“关闭”或“难接近”的染色质区域相关。

Bio-Rad公司推出的EpiQ染色质分析试剂盒(EpiQ chromatin analysis kit )就是利用上面的原理来定量评估染色质结构。通过原位染色质消化、基因组DNA纯化以及实时定量PCR,您可以同时研究几个基因启动子的染色质状态。作为一款新颖的表观遗传学研究工具,EpiQ试剂盒可协助确定表观遗传学事件(如DNA甲基化和组蛋白修饰)对基因表达调控的影响。

目前定量确定染色质结构状态的方法较为复杂,且耗时长。它需要从细胞中分离出细胞核,并进行染色质消化,通常需要两天以上才能完成。有了EpiQ试剂盒,无需分离细胞核,6小时即可获得染色质结构的数据。此外,该试剂盒只需要较少量的细胞(低至50,000个)就能开展分析。

EpiQ染色质分析试剂盒的流程如下:在有或没有核酸酶的情况下,利用染色质缓冲液处理细胞1小时(37°C)。利用终止缓冲液来终止染色质消化(37°C,10分钟),之后是基因组DNA纯化和定量。通过实时定量PCR来评估染色质结果,与参照基因比较结果。

研究人员证实,EpiQ染色质分析试剂盒的染色质结构数据与多个细胞系中一些基因的表达水平密切相关。他们评估了四个不同细胞系(HeLa、PC3、LNCaP和HCT15)中四个组成型表达基因(GAPDH、ACTB、TBP和B2M)的近启动子区域的染色质状态(下图A)。每个基因的启动子都处于开放的染色质结构。

他们同时评估了同一细胞系中11个表观遗传学调控的基因启动子(ABCB1、CDH1、CDH13、DAPK1、DKK1、GSTP1、PTGS2、TP73、WT1、p14ARF和p16INK4A)(下图B)。染色质状态存在差异,并与基因表达水平密切相关。开放状态的染色质区域与中等到高水平的基因表达相关(右上角黑色框),而封闭状态与低水平相关(左下角)。EpiQ试剂盒轻松鉴定出PC3细胞中一个异常值基因(黑色箭头),它表现出一种表观遗传学调控的稀有形式—单等位基因甲基化,即只有一个等位基因被甲基化,导致50%的染色质可接近和高水平基因表达。

在目前的表观遗传学研究中,很多研究人员都分析DNA甲基化和组蛋白,而EpiQ试剂盒与这些分析互补。现在就让我们来看看世界各地的科学家是如何利用这个试剂盒的吧。(生物通 余亮)

(未完,待续)

欢迎索取EpiQ染色质分析试剂盒的更多资料!

订阅生物通快讯

订阅快讯:

最新文章

限时促销

会展信息

关注订阅号/掌握最新资讯

今日动态 | 人才市场 | 新技术专栏 | 中国科学人 | 云展台 | BioHot | 云讲堂直播 | 会展中心 | 特价专栏 | 技术快讯 | 免费试用

版权所有 生物通

Copyright© eBiotrade.com, All Rights Reserved

联系信箱:

粤ICP备09063491号