NimbleGen ISCA Plus芯片新分析软件

【字体: 时间:2012年04月12日 来源:罗氏

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  NimbleGen近期推出的ISCA Plus细胞遗传学芯片除了NimbleGen的DEVA 1.1软件外又有了新的分析工具可供用户选择。BioDiscovery的Nexus软件可用于罗氏NimbleGen比较基因组、细胞遗传学芯片及表达谱芯片分析,罗氏诊断将在中国销售该系列软件。

NimbleGen近期推出的ISCA Plus细胞遗传学芯片除了NimbleGen的DEVA 1.1软件外又有了新的分析工具可供用户选择。BioDiscovery的Nexus软件可用于罗氏NimbleGen比较基因组、细胞遗传学芯片及表达谱芯片分析,罗氏诊断将在中国销售该系列软件,包括:

• Nexus Copy Number Standard提供基因组拷贝数分析的基本统计学工具,可同时分析多个样本并浏览各个样本数据,计算特定位点的等位基因频率以及发现杂合性缺失的位点,发现多个样本共有的拷贝数扩增或者缺少区域,进行基因注释。既可以在本地保存数据,又可以连接到Nexus的远程数据库及ISCA及CCMC等他数据库等。

• Nexus Copy Number Discovery 提供Nexus Copy Number Standard软件的所有功能外,增强了统计分析的能力及注释能力如:不同样本组间的统计学分析,利用Survival Predictive Power计算的生存率分析,输出Kaplan-Meir图,添加mRNA、miRNA及甲基化信息,变异中Pathway或GO富集区域, 按照实验结果将样本分组。

• Nexus Expression提供多种基因表达分析方法。可以将样本分组发现表达的模式,不同形状的样本可以用不同颜色表示,同时比较多个样本并可以进行基因注释,通过组间比较发现表达显著改变的基因,可生成Kaplan-Meier图来估计不同组的生存率, 发现表达改变的基因中重复出现的 GO,进行GSEA计算(Gene Set Enrichment Analysis)。

Nexus软件的优点在于简便易用,分析快速,人性化的界面设计只需点击即可完成复杂的数据分析,不需要生物信息学专家的帮助。拥有出色的统计学工具,获得你所关心的各种比较结果。既有高质量且可灵活操作的基因组视图,又可生成精美的图片展示实验结果,帮助您完成高质量的研究报告。该软件可支持多个芯片平台的数据分析。寻找变异的公共区域,可以连接到多个数据库包括Nexus DB、ISCA及CCMC,多种报告的产生。

通过此次罗氏Nimble与BioDiscovery Nexus软件的合作,将补充NimbleGen的DEVA芯片分析软件功能,为NimbleGen芯片的用户提供更多芯片分析工具,获得更多优质的数据分析及精美的实验报告。
更多信息请浏览
http://www.nimblegen.com/products/software/nexus/index.html

欢迎索取Nexus软件的更多资料

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