Nature：蛋白质组学，互作图谱

　　

生物通报道  随着越来越多的蛋白质相互作用被发现，研究人员正在寻找新的途径查询这些数据，理解相关内容之间的联系。

当科学家们还在庆祝完成了人类基因的序列草图之时，来自两个独立研究小组的论文报告了另一项计划的研究结果。这项计划旨在检测所有可能配对的数以千计的酵母蛋白质以了解它们间的相互作用。

蛋白质间相互作用的重要性不容置疑。任何细胞内都不可能没有蛋白质的互作。一个细胞无论是进行分裂，分泌激素或触发自身死亡，都需借助蛋白间的相互作用促使事件发生。因此，科学家们曾高度期待能获得综合的图谱显示在酵母细胞中哪些蛋白质汇聚到了一起（点击免费获取GE蛋白质互作研究Biacore系统相关资料
）。

然而最终的结果却让科学家们大吃一惊。尽管两个研究小组采用相同的酵母双杂交（Y2H）分析技术对同一生物体内所有采集的蛋白进行了研究，然而两篇研究论文发现的相同的蛋白质相互作用却还不到150种——仅占两研究组号称的高质量研究发现的10%。且大多数科学家们都认为这些结果千疮百孔，根本是无用的。

 

多次重复实验和先进的统计学分析揭示了16种HIV蛋白质（蓝色）与数百种人类因子之间的相互作用。

“你可以想象，人们都极端的吹毛求疵。当你在研究相同的东西而得到了不同的结果时，他们不会相信你，”其中一篇研究论文的共同作者Peter Uetz回忆说。Uetz现在在弗吉尼亚联邦大学生物复杂性研究中心从事蛋白质互作研究。即使在今天，许多的研究人员仍对研究中采用的Y2H分析持怀疑态度。

而达那-法伯癌症研究所（the Dana-Farber Cancer Institute）的系统生物学家Marc Vidal却认为这些技术已在过去的10年间走过了漫长的道路。研究人员不仅找到了识别和减少假阳性结果的方法，繁重的后续研究也表明两个研究报告之间惊人的低重叠结果并不是因为研究分析发现了大量根本不存在的相互作用，而是因为他们错失了许多。

了解这些相互作用如今仍然十分重要。蛋白质互作组——蛋白质互作图谱——现在成为了系统生物学家原燃料。阻断癌细胞及其他疾病中蛋白质互作的有前景的技术启动了一系列的生物技术事件。从蛋白质互作而非单个基因和蛋白的角度考量疾病将有可能帮助解开混乱的研究发现。例如相同蛋白突变通过扰乱不同的相互作用可导致不同的疾病。同样的，不同蛋白的突变破坏相同的互作也会导致相同的疾病。

Vidal说一张很好的蛋白质互作参考图谱就像完成的人类基因组序列一样，可以推动进一步地研究遗传变异和功能。验证的网络将给予科学家们开展更多实验的新起点。“我猜测随着这些网络的发展，我们将获得更精确的途径来了解这些相互作用发生的地点、时间和方式。我们正逐渐了解道细胞通过这样实现了组织自我，”Vidal说。

下接：Nature：蛋白质互作的筛查系统（上）

（生物通：何嫱）

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