Affymetrix芯片助力冠心病易感位点的发现[创新技巧]

【字体: 时间:2012年08月21日 来源:生物通

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  近日,由中国医学科学院阜外心血管病医院顾东风教授领导的研究小组,通过大规模的全基因组关联研究(GWAS),在汉族人群中发现了4个全新的冠状动脉疾病易感位点。该研究成果于2012年7月1日在线发表于《Nature Genetics》杂志上。

近日,由中国医学科学院阜外心血管病医院顾东风教授领导的研究小组,通过大规模的全基因组关联研究(GWAS),在汉族人群中发现了4个全新的冠状动脉疾病易感位点。该研究成果于2012年7月1日在线发表于《Nature Genetics》杂志上。

冠状动脉疾病(coronary artery disease,CAD)俗称冠心病,伴随着严重的并发症(心肌梗死),是目前世界上导致人类死亡的头号杀手。近年来一些GWAS研究发现了与此种疾病相关联的多个染色体区域。然而,大部分研究的对象是欧洲人群。由于潜在的遗传异质性,这些发现的变异未必能与其他群体的疾病相关联。于是,顾东风教授领导的研究小组对汉族人群开展了大规模的GWAS研究。

研究分为两个阶段来开展。在发现阶段,研究人员开展了两项独立的GWAS研究。他们利用Affymetrix的Human Mapping 500 K芯片对509例心肌梗死患者和1,034例对照进行了基因分型。同时,他们利用Affymetrix的Axiom Genome-Wide CHB1,一款专门为汉族人群设计的芯片,对1,034例冠状动脉疾病患者和4,245例对照进行了基因分型。之后,他们开展这两项GWAS研究的荟萃分析,产生了近220万个常染色体SNP的关联数据。

在第二阶段,研究人员在15,460个病例和11,472个对照中开展了重复研究,发现了冠状动脉疾病的4个新位点,它们达到了全基因组显著性的阈值(P < 5 × 10−8)。这4个SNP位点(rs2123536、rs1842896、rs9268402和 rs7136259)所在或邻近的染色体区域(TTC32-WDR35、GUCY1A3、C6orf10-BTNL2 和ATP2B1)是冠状动脉疾病发生的易感区域。

同时,研究人员也重复发现了之前在欧洲群体中鉴定出的四个位点,它们定位在PHACTR1、TCF21、CDKN2A-CDKN2B 和 C12orf51 染色体区域以内或附近。

这些结果表明,不同群体之间既有共同的也有独特的冠状动脉疾病易感位点,并强调了针对不同人群优化研究方法来发现致病变异及机制的重要性。这些发现有助于我们进一步了解促进疾病易感性的通路,同时也为冠状动脉疾病的预防和治疗提供了潜在的靶定。(生物通 余亮)

原文检索:

Genome-wide association study in Han Chinese identifies four new susceptibility loci for coronary artery disease

摘要:

We performed a meta-analysis of 2 genome-wide association studies of coronary artery disease comprising 1,515 cases and 5,019 controls followed by replication studies in 15,460 cases and 11,472 controls, all of Chinese Han ancestry. We identify four new loci for coronary artery disease that reached the threshold of genome-wide significance (P < 5 × 10−8). These loci mapped in or near TTC32-WDR35, GUCY1A3, C6orf10-BTNL2 and ATP2B1. We also replicated four loci previously identified in European populations (in or near PHACTR1, TCF21, CDKN2A-CDKN2B and C12orf51). These findings provide new insights into pathways contributing to the susceptibility for coronary artery disease in the Chinese Han population.

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