首个大型的癌症lncRNA表达谱分析

【字体: 时间:2012年08月31日 来源:生物通

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  来自斯坦福大学医学院等机构的研究人员首次绘制了多个癌症的lncRNA表达谱,并鉴定出多个在不同癌症类型中差异表达的区域,它们有望成为重要的癌症标志物。该研究成果发表于8月28日的《Genome Biology》上。

  

生物通报道 来自斯坦福大学医学院等机构的研究人员首次绘制了多个癌症的lncRNA表达谱,并鉴定出多个在不同癌症类型中差异表达的区域,它们有望成为重要的癌症标志物。该研究成果发表于8月28日的《Genome Biology》上。

在过去几年,通过癌症的基因表达谱研究,科学家们已经鉴定出多个生物标志物,它们改善了肿瘤的分类和诊断。由于这些研究主要是通过基因芯片来开展,故标志物多集中在蛋白编码基因。随着长链非编码RNA(lncRNA)研究的发展,研究人员也发现lncRNA倾向于更加组织特异性的表达。这种性质决定了它们有潜力成为组织特异性的生物标志物。

lncRNA通常被认为是转录本长度超过200 nt的RNA分子。这样,lncRNA就与microRNA、siRNA、piRNA等小分子RNA区分开来。近期的研究表明,lncRNA在癌症中扮演重要角色,同时,它们也在表观遗传基因调控和细胞分化上起作用。尽管普遍认为lncRNA是重要调节分子,但目前还没有开展各种癌症类型的lncRNA表达谱分析。

在这项研究中,研究人员利用高通量测序技术,对64个肿瘤样品进行了已知lncRNA和新颖的基因间转录本的研究。这些实体瘤样品代表了不同器官的腺癌和鳞状细胞癌,以及各种软组织肉瘤。他们从1065个已知lncRNA鉴定出数百个转录本,在各种肿瘤类型之间表现出转录水平的差异,因此有望成为候选的生物标志物。

研究人员还发现了1071个新颖的基因间转录区域,它们也表现出相似的差异模式。之后他们还通过RNA原位杂交进一步评估了在乳腺组织中特异表达的一个新颖转录本,发现与低度肿瘤和雌激素受体表达相关,从而有可能成为一种重要的乳腺癌标志物。

研究人员此次采用的是3SEQ技术(3’ End Sequencing for Expression Quantification)。它与传统RNA-seq技术的区别在于通过片段化RNA的polyA+选择,富集了转录本的3’端。仅每个转录本的3’端片段被分离和测序,让这种技术特别适合RNA片段化的存档样品。与RNA-seq相比,这种“序列标签”的方法也显著降低了所需的测序深度。

此项研究第一次绘制了多个人类原发癌症样品的lncRNA表达谱,为研究界提供了癌症表达lncRNA的宝贵资源以及一系列癌症中表达的新转录本。(生物通 薄荷)

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原文检索

Transcriptional profiling of lncRNAs and novel transcribed regions across a diverse panel of archived human cancers

Genome Biology 2012, 13:R75 doi: 10.1186/gb-2012-13-8-r75

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