与UK Biobank的合作为Affymetrix带来新的10万个美国老兵样品的基因分型合同

作者：Justin Petrone
来源：GenomeWeb

Affymetrix公司高管在最近几周曾经预测，该公司与英国生物样本库（UK Biobank）的协议，在其Axiom平台上对50万个样品进行基因分型，可能促使其他生物样本库选择其芯片用于类似项目。

BioProcessing Solutions Alliance的决定似乎就是个例子。作为百万老兵项目（Million Veteran Program）的一部分, 它将采用这家芯片供应商的芯片对10万个代表美国退伍军人事务部（US Department of Veterans Affairs）的样本进行基因分型。

BioProcessing Solutions Alliance和退伍军人事务部在上周宣布了这一计划。

此计划的首席研究员Andrew Brooks向《BioArray News》证实，Affymetrix与UK Biobank的合作正是促使他们与该公司合作的一个因素，并指出UK Biobank样品基因分型所用芯片的设计和格式“对这类基因分型项目而言是很大的优势”。

Brooks补充道，BioProcessing Solutions Alliance及退伍军人事务部的研究人员将有可能根据UK Biobank芯片以及Affymetrix的Biobank目录芯片的设计来 “创建针对百万老兵项目的特定疾病相关靶点的新一代定制芯片”。

Affymetrix和Illumina公司去年都针对生物样本库推出了更低成本、更高通量的芯片格式。尽管Illumina一般被认为是基因分型芯片市场的主要供应商，但Affymetrix试图利用与UK Biobank的大型基因分型合作项目作为跳板，与其他生物样本库签订类似协议。

Affymetrix在三月宣布了它与UK Biobank的协议。上个月，参与此项目的研究人员表示，他们已经最终确定了芯片设计，它侧重于英国人群体，而Affymetrix也已经开始对样本进行基因分型（BAN 10/29/2013）。

Affymetrix的基因分型战略营销副总裁Mike Nemzek告诉《BioArray News》，当时就已经看到了对UK Biobank芯片设计或衍生产品巨大的潜在需求。因为客户以此芯片为模板，来定制他们所关注群体的芯片。本周，他承认了UK Biobank项目对BioProcession Solution Alliance选择的影响。

 “我想是这样，”在被问及UK Biobank的交易是否促成新的协议时，Nemzek如是说。“当然，百万老兵项目的PI也知道我们与UK Biobank的合作项目。”

百万老兵项目（Million Veteran Program）

美国退伍军人事务部为支持“百万老兵项目”，上周将五年的基因分型合同授予了BioProcessing Solutions Alliance。这是由BioStorage Technologies（一家为生物科学行业提供样品管理解决方案的公司）和新泽西州立大学罗格斯分校的RUCDR Infinite Biologics（一家以罗格斯大学为基础的公立生物资源库）结成的联盟。

根据该声明，退伍军人事务部将在第一年提供750万美元，以支持基因分型，其余额待定。BioProcessing Solutions Alliance将对美国退伍军人的10万个DNA样品进行基因分型和分析，这些军人自愿参加此项目。最终，遗传数据将存储在一个数据库，此数据库也将同时涵盖参与者的生活方式及健康等信息。

研究人员和医生正在开发这款基因分型芯片。Nemzek表示，MVP芯片的设计还未完成，而一旦项目确定SNP选择，Affymetrix将花五周的时间向RUCDR交付此款芯片。

据Brooks介绍，他也是RUCDR的首席运营官，MVP的定制内容将集中在特定疾病靶点，它们将有助于识别和确定健康问题的风险评估，这是退伍军人事务部的研究人员特别感兴趣的。“退伍军人事务部将详细的临床信息与分子遗传信息相整合的能力将是这一项目的巨大资产，”他补充道。

Brooks指出，BioProcessing Solutions Alliance已签订合同，在第一年对107,000名个体进行基因分型。他表示，联盟将在BSA East开展基因分型，这是RUCDR主要分析基地的一部分，位于罗格斯大学Busch校区。

《BioArray News》在今年早些时候采访了Brooks，讨论RUCDR的活动，它与BioStorage的联盟，以及对Affymetrix和Illumina生物样本库芯片的需求（BAN 4/23/2013）。