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新技术同时分析核小体定位和DNA甲基化[新品推荐]

【字体: www.ebiotrade.com 时间:2013年12月31日 来源:生物通

摘要:

  传统的方法能够独立确定核小体定位或DNA甲基化。然而,这些方法不能提供两者之间关系的信息。为此,Active Motif公司推出NOMe-Seq技术,首次实现同一DNA分子上多个表观遗传修饰之间关系的研究。

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表观遗传修饰往往不是孤立的,而是存在相互作用。哺乳动物细胞中的DNA甲基化通常与基因沉默相关联,要么直接地抑制转录因子的结合,要么间接地招募染色质重塑因子。ATP依赖的染色质重塑改变染色质结构,以便调节DNA的接近程度。

传统的方法能够独立确定核小体定位或DNA甲基化。研究核小体定位的经典方法包括核酸酶消化和引物延伸,如MNase-seq,而研究DNA甲基化的方法很多,其中亚硫酸氢盐测序可获得单碱基分辨率的DNA甲基化图谱。然而,这些方法不能提供两者之间关系的信息。为此,Active Motif公司推出NOMe-Seq技术,首次实现同一DNA分子上多个表观遗传修饰之间关系的研究。

NOMe-Seq代表核小体定位和甲基化谱测序(Nucleosome Occupancy and Methylome Sequencing)。此技术是由美国南加州大学的Peter Jones实验室开发的,让研究人员能够拷问特定位置上的核小体定位、转录因子结合和DNA甲基化。

它通过GpC甲基转移酶处理固定的染色质,使未被核小体以及其他结合蛋白保护的GpC二核苷发生甲基化;由于基因组中含有大量的GpC,通过酶的处理可对核小体足迹进行高分辨的定位;处理过的DNA之后经过亚硫酸氢盐转化和特定基因位点测序来建立该DNA单链的甲基化谱。哺乳动物基因组的GpC二核苷是非甲基化的,因此可将内源的CpG甲基化同人为处理的GpC甲基化区分开来。结合GpC和CpG位点的测序结果,可确定特定基因位点上核小体定位和DNA甲基化的情况。

从NOMe-Seq中获得的信息为研究人员提供了一个工具,能更好地理解染色质的不同状态及其对基因调控的影响。对于每个基因启动子,研究人员可确定染色质是否含有核小体,或核小体枯竭区域(NDR)是否存在。由于NOMe-Seq提供了单链DNA的详细信息,故此技术有助于分析等位基因特定差异或确定新的印记基因。

NOMe-Seq试剂盒提供了足够的试剂,可用于10次GpC甲基转移酶处理和10次阴性对照反应。这些试剂可用于染色质固定、核蛋白提取、GpC甲基转移酶处理、染色质解交联、亚硫酸氢盐转化和DNA纯化。(生物通 余亮)

NOMe-Seq的优点
• 同时分析同一条DNA链上的核小体定位和CpG 甲基化
• 了解DNA甲基化与核小体占位之间的瞬时关系
• 足够的灵敏度可检测核小体位置上微妙的变化
• 核酸酶消化分析表明无核小体占位偏向
• 染色质固定也提供了转录因子结合位点的信息

(http://www.ebiotrade.com/)
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