RNA完整性评分RQS——RNA质控标准的完美体现！[新品推荐]

PerKinElmer Caliper 独创的RNA质量评分（RNA Quality Score，RQS），可准确且直观的评估RNA样品完整性质量，同时提供多项具体质控指标：28S、18S、28S/18S（高度）、28S/18S（面积）、28S/总面积、18S/总面积、Fast Area Ratio，并可通过RQS阈值设定筛选高质量的样本。保证下游芯片、测序、QPCR等基因表达分析实验的准确性与成功率。

Caliper Life Sciences作为“Lab-on-Chip”领域的佼佼者，拥有“Lab-on-Chip”技术的**权，Caliper公司于1999年与Agilent公司合作推出全球**款商业化芯片分析仪——2100生物分析仪。2100的RNA完整性评估(RIN)是由安捷伦开发用来帮助科学家估计总RNA样本的完整性，并被认为是行业内的金标准。随后由Caliper 公司开发的LabChip GX 可视作2100生物分析仪基础上的进一步升级。

LabChip GX以蚀刻芯片为载体，通过微流控技术整合上样、分离、检测、清洗等过程，在纳升体系内对DNA、RNA样品进行快速、自动、高通量的定性和定量分析。在耗材上更节约样品，在通量上更灵活，更加自动化，数据上提供更丰富直观的色谱图、模拟胶图、数据表和分析报告，独创的RNA质量评分RQS（RNA Quality Score），可准确且直观的评估RNA样品质量，同时提供多项具体质控指标：28S、18S、28S/18S（高度）、28S/18S（面积）、28S/总面积、18S/总面积、Fast Area Ratio，并可通过RQS阈值设定筛选高质量的样本。保证下游芯片、QPCR等基因表达分析实验的准确性与成功率。

1、RQS验证

RQS是通过检测经加热和RNAsa处理的不同组织类型的RNA而计算出来的。首先从8种不同的组织类型中分离总RNA(大鼠的大脑和肝、人的肾、小鼠的卵巢、人宫颈癌细胞、淋巴瘤细胞、Juekat细胞系、小鼠心脏细胞)，在90℃的条件下进行不同时间(0、5、10、15、20、22.5、17.5、25、30、40、50分钟)的处理。然后分别取2 μL的热处理样品至96孔板中通过LabChip GX仪器进行分析。右侧图显示了一个典型的部分降解的RNA样本的色谱图。RQS的计算是综合考虑了所有能影响RNA质量的因素，包括18S和28S峰面积和高度,以及总面积。还包括了Fast Region面积(LM和18S之间的面积),这个面积代表的是小RNA片段和可能降解的部分RNA。这个图标注的面积显示了RQS的计算中考虑的因素。

2、RQS定义方程

RQS的重现性是对4种组织样本的总RNA的分析后得到的。首先将4种样本不同浓度(50、100、200 ng /μL)的完整的总RNA用8个Levels的RNAsa消化并检测，经过三次重复试验验证，结果偏差< 10%。将不同浓度的完整的大鼠的大脑总RNA（25、50、100、250、500 ng /μL）用4张芯片在4台LabChip GX系统上进行检测，共进行了320次重复检测确定RQS的稳定性。由此产生的数据意味着RQS = 8.41with a CV of 13.5%。RNA浓度低于12.5 ng /μL(低于检测浓度范围)的检测结果不可靠，同时分析报告和数据表中也不会有RQS得分。

3、RQS vs RIN

为了确定Caliper RQS和安捷伦RIN的相关性，做了两个平行的处理：1、在Agilent 2100和Caliper GX上分别检测96个热处理样本；2、将4种不同组织(大鼠的大脑、人类胰腺,人类结肠癌细胞、和人类肝癌细胞)使用一种不同浓度(1.600x，3.200x，6.400x，12.800x，25.600x，51.200x，102.400x)的RNAse混合物（试剂盒）进行消化，2分钟后加入2μL 0.1 x SupeRnaseIn(试剂盒)终止反应，分别取2μL样本至96孔板通过LabChip GX进行分析，取1μL相同的样本通过安捷伦2100生物分析仪(使用II系列包和2100专家软件)进行分析。对热处理样本(按以上方法)也进行了检测。156个样本的RQS及RIN相关曲线如下所示：

总结

Caliper LabChip GX的RNA分析—RQS　

• 提供RNA质量评价分数，在下一步基因表达研究之前对RNA样本进行质控　
• RQS与Agilent RIN良好的相关性
 ——一同一个样本在2100和LabChip GX上的检测结果偏差一般< 10%　
• RQS在整个浓度范围(25到250 ng /μL)确保结果一致性 　
• RQS从各种不同的组织收集的RNA样本结果检测一致性　
• RQS在不同仪器上检测RNA结果一致性
• RQS重现性:在整个浓度范围内和降解的区域，CV < 20%

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