Caliper微流体芯片技术——GQS评估基因组DNA质量的新方法[新品推荐]

【字体: 时间:2013年05月15日 来源:基因有限公司

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  基因有限公司的Caliper微流体芯片技术,独创GQS(基因组DNA质量分数),用于评估基因组DNA的完整性,以保证gDNA的高质量以进行后续研究分析,是下一代测序和分子诊断等得到高质量结果的决定性步骤。

随着疾病和药物治疗在遗传水平上的研究越来越普遍,高质量基因组DNA的有效性及评估其质量的方法是必不可少的。在一些研究中,比如下一代测序和分子诊断,保证基因组DNA的完整性(有大片段的分布并没有降解)是得到高质量结果的决定性步骤。

目前,琼脂糖凝胶通常被用于直观的分析基因组DNA的质量。这些凝胶是可以提供信息的,但是也同样存在差异性,如大小,smearing,定量和染色(尤其在加入量不同时)等。另外,以胶为基础的实验很难实现自动化,或者难于分析大量的样品,也不能提供真实的分布情况和得到数字化的数据结果。

Lab on Chip技术主要是使用LabChip GX仪器(一个高通量,自动化的微流体芯片电泳分离平台)来评价基因组DNA的质量。这个分析产生了一个质量参数标准- 基因组DNA质量分数the gDNA Quality Score (GQS)-以确定一个样本可以进行后续分析的可接受的标准。基因组DNA质量分数(GQS)范围从0到5,分数为5表现为最高质量。由LabChip GX仪器带来的高度的重复性、通用性和高通量克服了依赖于凝胶方法的局限。而且,数据结果是数字化的,更方便于存档和发布。

   

LabChip GX仪器预充芯片,并自动化的得到样本的电泳分析结果。样本逐个由毛细管自动化的吸取,当样本进入到芯片中,样本在微流体芯片管路中被染色,分离和检测。有两种芯片制备的方法,分别为每轮分析24个样本和48个样品。每个样本的分析时间为2.5分钟,结果显示为电泳峰图(Figure 1A)和胶图(Figure 1B)。另外,一个基因组DNA质量分数,GQS来自于gDNA的大小分布;质量分数和样品的浓度等信息都会在软件中显示。Figure 2展示的是3个样本产生不同程度的降解;降解越多的样本GQS分数越小。

Figure 1. 从1 to 50 ng/μL梯度稀释的基因组DNA的电泳峰图 (A) 和 胶图(B) 

Figure 2.基因组DNA在片段化酶的作用下降解程度的电泳峰图和胶图。1 μL enzyme / 1 μg gDNA孵育3-20分钟,GQS分数随着降解程度的增加而减小。

Figure 3.  4个gDNA样品的电泳峰图,其中,GQS 1.1的分数建议此样品不适合用于下游应用。其他的样品,GQS分数大于3,是适合后续研究应用的。

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